監司也多次空缺，沒有補充。
文武大選、急選官以及四方的教職，累計數千人，因為吏、兵兩科缺掌印人而不簽憑證，長期滞留京都，時常攀附内閣的公車哀怨、訴說。
诏獄的囚犯，因為沒有人負責刑部，不做判決遣送，家屬聚集在長安門号哭。
職司各業全部廢弛，上下級分離，脫節。
萬曆四十六年(1618)四月，大清的軍隊攻克撫順，朝野震驚。
皇帝起初很憂慮、懼怕，時時下達文書，不出幾個月就像原來一樣遲緩。
方從哲的兒子方世鴻殺了人，巡城禦史彈劾他。
方從哲請求罷職，皇帝不同意。
長星出現在東南方，長二丈，寬一尺多，過了十九天才消失。
當天，京城發生地震。
方從哲上奏稱“：妖象與怪征兆，層出疊見，除了我盡職，痛心修身、反省之外，希望陛下大振天綱，使天下更新。
”朝廷人紛紛地譏笑他。
皇帝也不做反省。
禦史熊化因為時事多艱、輔佐無效而彈劾方從哲，請求依災變的方策罷免他。
方從哲懇求罷免自己的官職，堅持在家躺卧四十多天，内閣空虛無人。
皇帝再三撫慰、挽留，他才起身處置事務。
第二年二月，楊鎬分四路出兵，兵科給事中趙興邦用紅旗督戰，官軍大敗。
禮部主事夏嘉遇稱遼地事情的嚴重，由趙興邦與方從哲庇護李維翰所造成的，兩次上奏彈劾他們。
方從哲請求罷職，不敢進入内閣，在朝房處理政務。
皇帝下優诏懇留，才如常上班，而且反而提升趙興邦為太常少卿。
不久，大清的軍隊接連攻克開原、鐵嶺。
朝廷大臣在文華門跪拜上奏，請求立即批示、發放奏章，又在思善門等候聖旨，都沒有答複。
于是，方從哲在仁德門叩首，跪着等候皇帝的答複，皇帝始終沒有答複。
不久，奏請皇帝出宮，駕臨文華殿，召見群臣，當面商議戰守的策略，也沒有答複。
他十次上奏請求補充内閣大臣，心情極度悲哀，皇帝才命令朝廷大臣推舉。
等到推舉給皇上，又不任用。
方從哲又接連奏請，才選用史繼偕、沈..，奏疏仍然留在宮中，終萬曆皇帝之世沒有下達。
禦史張新诏彈劾方從哲的諸封奏疏，歸罪于君王，诳言騙人，祖宗二百多年的基業毀壞在方從哲的手中。
禦史蕭毅中、列蔚、周方鑒、楊春茂、王尊德、左光鬥，山西的參政徐如翰也相繼上奏攻擊他。
方從哲接連上奏表白自己，并請求罷免官職。
皇帝都沒有理會。
自從劉光複被投入監獄，方從哲數十次上奏相救。
皇帝特例釋放他為平民，而用人與行政的諸件奏章始終沒有下發。
皇帝患病幾個月。
遇上皇後逝世，方從哲剛剛哭完，就奏請到皇帝龍床前侍候。
皇帝在弘德殿召見他，他跪着訴說