了很久，于是奏請補充内閣大臣，任用大臣，下發谏書、命令。
皇帝同意了，他才叩頭出門。
皇帝一向厭惡言官。
在此之前的考選後任職、授命的人，都要候職二、三年。
等到這時候，等待再次任職的人則要四年。
方從哲幾十次上奏想請求任命這些人最終沒有下發。
皇帝自認為天下平安，官吏不必完備，有意減少他們。
等到遼左的兵事興起，又不想矯正以前的過失，照舊施行。
方從哲單獨執政，最終沒有什麼匡扶、救助。
又任用姚宗文到了遼東察看，将經略熊廷弼傾軋離去，于是丢失了遼陽。
論事者稱明朝的滅亡，實際上由神宗釀成，而方從哲是罪魁禍首。
萬曆四十八年(1620)七月二十九日，皇帝不舒适，十七天後漸漸加重。
外廷憂慮，方從哲與九卿台谏到思善門問安。
過了兩天，皇帝召見方從哲和尚書周嘉谟、李汝華、黃嘉善、黃克缵等人接受遺命。
又過了兩天，皇帝才逝世。
八月二十八日，光宗繼位。
鄭貴妃因為以前福王的緣故，怕皇帝懷恨她，呈送珠玉以及八名侍姬利誘皇帝。
所選送的侍姬李氏最受皇帝寵愛，于是貴妃請求立選侍為皇後，選侍也替貴妃請求冊封太後。
皇帝已經在乙卯(九月六日)患病，丁巳(九月八日)病重，命令方從哲冊封貴妃為皇太後，方從哲趕緊命令禮部。
侍郎孫如遊極力争辯，此事才終止。
辛酉(九月十二日)，皇帝不朝見，方從哲與朝廷大臣到宮門前問安。
當時京城紛紛傳說宦官崔文升進呈洩藥，皇帝因此萎靡，而且皇帝的聖谕中有“頭目眩暈，身體軟弱，不能動腳”的話，衆人的情緒更加疑惑、驚駭。
給事中楊漣彈劾崔文升并波及方從哲。
刑部主事孫朝肅、徐儀世，禦史鄭宗周一起呈書方從哲，請求保護聖體，迅速建立皇儲。
方從哲向皇帝問安，于是勸谏皇帝慎重吃藥。
皇帝褒揚并答應了他。
戊辰(九月十九日)，新任内閣大臣劉一火景、韓火廣上任，皇帝的病情已經很危險。
辛未(九月二十日)，皇帝召喚方從哲、劉一火景、韓火廣，英國公張惟賢，吏部尚書周嘉谟，戶部尚書李汝華，禮部侍郎署理部中事務的孫如遊，刑部尚書黃克缵，左都禦史張問達，給事中範濟世、楊漣，禦史顧忄造等人到乾清宮。
皇帝駕禦東暖閣靠着茶幾，皇長子、皇五子等人都侍從在旁。
皇帝命令諸位大臣上前，方從哲等人便奏請皇帝慎重就醫、服藥。
皇帝說“：十多天沒有吃了。
”于是下谕冊封選侍為皇貴妃。
甲戌(九月二十五日)，又召見諸位大臣，告谕冊封的事。
方從哲等人奏請迅速冊立皇儲。
皇帝看着皇長子說：“你們輔佐他成為堯、舜。