”又談及壽宮，方從哲等人以先帝的山陵作答。
皇帝指着自己說：“我的壽宮。
”諸位大臣都哭泣了。
皇帝又問“：有位鴻胪官敬呈藥物，他在哪裡？”方從哲回答“：鴻胪寺丞李可灼自稱有仙方，我們不敢相信。
”皇帝命令召李可灼來，催促他調配藥物奉獻給皇帝，即所謂的紅丸。
皇帝服完一再稱他為“忠臣”。
諸位大臣退出恭候在宮門外。
宦官傳告皇上身體平安。
将近下午三至五時，李可灼出來，稱又呈送了一粒紅丸。
方從哲等人詢問狀況，他回答：“像先前一樣平安。
”第二天即九月二十六日卯時(上午五至七時)，皇帝逝世。
朝廷内外都恨李可灼，而方從哲拟遺旨卻賞賜李可灼銀币。
當時李選侍居住在乾清宮，群臣進去哭訴，諸宦官緊閉宮門不允許進去。
劉一火景、楊漣極力譏諷他們，才得以依禮面對皇帝哭泣，擁着皇長子出來，住進慈慶宮。
方從哲隻是周旋而已。
起初，鄭貴妃住在乾清宮侍候神宗的病體，光宗登基後她仍然沒有遷移。
尚書周嘉谟責備貴妃的從子鄭養性，于是她遷居慈甯宮。
等到光宗逝世，而李選侍住在乾清宮。
給事中楊漣和禦史左光鬥思慮選侍曾經要求冊封為後，不可以讓她居住乾清宮，以防沖撞了皇帝的囑托。
因此商議遷移宮殿，争辯幾天不能決定。
方從哲想慢慢處理。
新皇帝登基的前一天，劉一火景、韓火廣邀約方從哲到宮門奏請，選侍才移居哕鸾宮。
第二天庚辰，熹宗登基。
在此之前，禦史王安舜彈劾方從哲輕率地推薦瘋癫的醫生，又獎賞他以掩飾自己。
方從哲草拟太子的指令，罰李可灼一年的俸祿。
禦史鄭宗周彈劾崔文升的罪行，請交給法司，方從哲拟令由司禮察處。
等到禦史郭如楚、馮三元、焦源溥，給事中魏應嘉，太常卿曹王光，光祿少卿高攀龍，主事呂維祺，先後上奏說“：李可灼的罪行誅之難洩其憤，方從哲卻庇護他，國法何在？”而且給事中惠世揚徑直檢舉方從哲的十條罪狀、三條可殺的理由。
上奏稱：“方從哲獨任七年宰相，妨礙賢良禍害國家，為第一條罪狀。
驕橫愚鈍，沒有禮節，在皇帝去世處理事務時出現失誤，為第二條罪狀。
在太子宮中發生梃擊案，庇護奸黨，為第三條罪狀。
随心所欲，破壞皇帝的诏書，為第四條罪狀，縱容兒子殺人，蔑視法令、典章，為第五條罪狀。
阻撓、抑制言官，堵塞皇帝的耳目，為第六罪狀。
丢失城池違反法令，寬縱撫臣，為第七條罪狀。
馬上督戰，全軍覆沒，為第八條罪狀。
徇私騙上，使輔臣蒙羞，為第九條罪狀。
代征專賣稅，侵蝕國家，殃及百姓，為第十條罪狀。
貴妃請求封為皇後