，舉朝極力争辯，方從哲模棱兩可，為第一件該殺的事。
李選侍是鄭氏親近的人，淩辱聖母，緻使聖母飲恨而死。
方從哲接受了劉遜、李進忠所盜取的美珠，想封選侍為貴妃，又聽任她長期居住乾清宮，為第二件該殺的事。
崔文升用洩藥傷害先帝的身體，諸位大臣議論此事，方從哲想逃脫罪責，李可灼奉獻毒藥，方從哲還拟作賞賜，為第三件該殺的事。
”奏疏呈入，皇帝責備惠世揚輕率地诋毀人。
方從哲多次請求離去，皇帝都撫慰挽留。
不久，張潑、袁化中、王允成等人接連彈劾他，皇帝仍不聽。
當年冬天，給事中程注又彈劾他，皇帝仍不聽。
方從哲極力請求離去，六次上奏，皇帝任命他為中極殿大學士，賞賜銀币、蟒衣，派遣行人護送他回鄉。
天啟二年(1622)四月，禮部尚書孫慎行追究李可灼奉獻紅丸的事，斥責方從哲為謀害君王的逆賊。
诏令朝廷大臣商議。
都禦史鄒元标贊同孫慎行的奏疏。
方從哲上奏辯解，自己請求削奪官階，發配到邊遠的地方，皇帝下谕安慰他。
給事中魏大中因為九卿的提議長期拖延，上奏催促。
朝廷大臣大都贊同孫慎行給方從哲定的罪名，隻有刑部尚書黃克缵，禦史王志道、徐景濂，給事中汪慶百般偏袒方從哲，而詹事公鼐持中立态度。
當時大學士韓火廣陳述呈送藥的前後經過，替方從哲解脫。
因此吏部尚書張問達與戶部尚書汪應蛟聯合上奏稱：“呈送藥的前後經過，我們一起耳聞目睹。
輔臣探視皇帝的病，情形急迫、倉促，怎麼忍心說‘弑逆’二字？但是李可灼不是醫官，而且也不是知脈懂醫道的人。
用藥做嘗試，先帝就去世了。
方從哲與我們九卿未能制止，都有罪，反而賞賜李可灼。
等到禦史王安舜上奏，隻令他以養病而離去，處罰太輕，怎麼告慰先帝，讓朝廷内外心服。
應該像方從哲的請求，削奪他的官階，依法追究。
至于李可灼的罪行不勝誅殺，而崔文升在先帝不幸感染傷寒的時候，呈送大黃涼藥，罪行又在李可灼之上，依法都應該處決示衆，以洩公憤。
”奏議呈上，李可灼被遣送去戍邊，崔文升貶至南京，而方從哲沒有治罪。
不久，孫慎行稱病離去。
天啟五年(1625)魏忠順輯錄“梃擊”、“紅丸”、“移宮”三件事編成《三朝要典》以傾軋正直的人，于是免去了李可灼的戍邊之罰，任命崔文升督導漕運。
他的黨羽徐大化請求啟用方從哲，方從哲不出仕。
然而一時間請求誅殺方從哲的人被貶官、殺戮幾乎殆盡。
崇祯元年(1628)二月，方從哲去世。
贈封太傅，谥号文端。
三月将崔文升投入監獄，戍守南京。