，神宗惱怒地将他列入死囚之中。
遇上朝廷會審，命令戶部尚書宋纟熏主筆。
李世達對宋纟熏說，對焦文燦從輕發落。
這抵觸了聖旨，神宗責問，他又據法律做回答。
神宗最終沒有依從。
當時，皇帝閑居，很暴躁，身邊的侍從屢屢無罪被處死，李世達趁着災異上奏諷谏。
浙江發生饑荒，有人請求讓罪犯捐出粟以免罪。
李世達稱：“法律不能廢棄，甯可赦免也不能出賣。
赦免就體現了皇恩，法律仍然存在。
贖人則力量來自下面，人們更加藐視法律。
”有識之士對此稱是。
他改任左都禦史。
兵馬指揮何價虐待三人緻死，禦史劉思瑜庇護他。
李世達上奏彈劾，皇帝降了劉思瑜的官級。
他又彈劾并使禦史韓介等人受到罷免。
皇帝很厭惡言官，下诏申斥，指責他們挾私報複。
李世達勸谏：“效忠且正直的人，話語雖然偏激，心中實在沒有别的意思。
即使居心叵測，而谏言不能廢置，應該一并容納。
隻是阿谀奉承的人，此後應加以罷黜。
則正直的話每天能聽到，邪說漸漸消失。
”皇帝答複知道了。
萬曆二十一年(1593)他與吏部尚書孫钅龍共同主持京官的考核，将政府中的私人全部貶斥。
考功郎中趙南星被彈劾貶官，李世達極力抗争，皇上反而将南星除名，于是他請求辭職，皇上不同意。
這年秋天吏部侍郎趙用賢因為拒絕婚事遭人攻擊，李世達辯白他無罪。
郎中楊應宿、鄭材上奏诋毀李世達，他便接連上奏請求退休。
回鄉七年後去世。
贈封為太子太保，谥号敏肅。