清理、整治。
已經得到聖旨，宦官又上奏壓制了此事。
給事中楊其休上奏争辯，皇帝不接納。
曾同亨的弟弟曾乾亨奏請裁減冗員使經費寬裕些，京城衛戍部隊的諸位武臣聲稱減少了自己的月薪，一片嘩然，窺伺着曾同亨走出朝房就圍着他叫嚷。
曾同亨再次請求退休，沒有結果。
九門的工程完工，他被加封為太子少保。
極力請求離去，皇帝下诏令他乘驿車回鄉。
啟用他任南京吏部尚書，他推辭了。
此後很久，再度起用他任原職，他多次推辭之後才就職。
稅使在當地肆虐百姓，曾同亨極力勸谏。
萬曆三十三年(1605)，全面考核京官，他與考功郎徐必達正直不徇私情。
當年，北都考核拂逆了當政者的意願，宮中傳旨保留給事中錢夢臯等人；南都的考核和曾同亨自己的奏疏，也很久不下發。
曾同亨恰好因事進京，于是稱病。
诏令加封他為太子太保，而後退休。
曾同亨初次進入吏部，嚴嵩是他的同鄉，尚書吳鵬與他父親同年進士，曾同亨沒有做私下拜訪。
曾在署舍住食，整月不回家。
一向與羅汝芳、耿定向相好。
尚書楊博痛罵僞儒，曾同亨說：“他們中間多愚昧者，不可以一概斥責。
即使表面上借儒學名義，這與賣身進取，恬不知恥的人相比，誰更可惡呢？”他在七十五歲去世。
被贈封為少保，谥号恭端。