綸、戚繼光在城下大敗敵人。
不久戚繼光在王倉坪、蔡丕嶺打敗倭寇，其餘的敵人逃跑了，廣東境内全部安定了。
譚綸上奏再次請求回鄉服喪，世宗同意了。
嘉靖四十四年(1565)冬天，他出任原職，巡撫陝西。
還沒上任，大足縣的民衆就叛亂了，攻陷了七座城鎮。
诏令譚綸改任四川，他到任時亂民已經被平定。
雲南叛民的首領鳳繼祖逃入會理，譚綸調集軍隊讨伐并平定了他。
譚綸被升任兵部右侍郎兼任右佥都禦史，統轄兩廣的軍務兼理廣西。
将岑崗的亂賊江月照等人招降了。
譚綸熟悉兵事，朝廷依靠他對付倭寇，遇到警訊就調動他們，他任官沒有滿一年的。
等到南部的倭寇大略平定後，北部邊關的禍患卻方興未艾。
隆慶元年(1567)，給事中吳時來奏請征召譚綸、戚繼光訓練兵馬。
诏令譚綸回兵部，升任左侍郎兼任右佥都禦史，總督薊、遼、保定的軍務。
譚綸上奏說：“薊鎮、昌平的兵丁不滿十萬人，而且老弱者占一半，分别隸屬幾位将領，分散于二千裡的防區。
敵人集中兵力來攻，我們分兵防守，衆寡強弱不等，所以言事者請求趕緊訓練兵馬。
然而四大困難不解決，最終不能訓練兵馬。
“敵人擅長騎射，不招募三萬人經常練習車戰是不能制服敵人的。
統計三萬人的月饷，每年五十四萬兩白銀，這是一大困難。
燕、趙的兵丁的銳氣在邊防中耗盡了，不招募一萬二千多名熟谙戰事的吳、越士兵，摻雜在他們中間教練他們，必然難以成事。
我與戚繼光受召就可以立馬趕到，議論的人認為不可能，不始終信任，這是第二大困難。
軍事崇尚嚴格，然而燕、趙的士卒一向驕慣，驟然被處以軍法必然大為震驚駭然。
況且又離京城很近，容易産生流言蜚語，徒然使忠誠、明智的士卒受到掣肘而廢棄了功力，進而釀成其他禍患，這是第三大困難。
我方兵士一向沒有直接與敵作戰，就是打敗了敵人，敵人不心服，能夠再次打敗敵人，才能使敵人終身受創，但是這容易産生忌恨與妒嫉；想再有作為，禍患已經先到了。
這是第四大困難。
“按現在的情況考慮，請求調集薊鎮、真定、大名、井陉和督撫的标兵三萬人，分成三個營，指令總兵、參将、遊擊分别統率他們，而且授予戚繼光總理練兵的職責。
春季與秋季兩個防禦期，三營的兵馬各自調至邊關附近。
敵人來了就能将他們遏制在關外，敵人攻進來了就能與