他們在關内決一死戰。
這兩方面沒有效果，我不逃避罪責。
而且訓練兵馬不是一朝一夕的事，現在秋季防禦已經臨近，請迅速調集三千名浙江兵，以緩解急迫的形勢。
三年之後，邊防軍訓練好了就遣返浙江兵。
”
世宗下诏全部同意了他的請求，仍指令譚綸、戚繼光商讨分别成立三個營的事情。
譚綸趁機說：“薊鎮訓練了十多年的兵馬，然而最終不見成效，是因為任務不專一，訓練也不落實。
現在應該責令臣譚綸與戚繼光，專門負責，不要讓巡按、巡關的禦史參與到這中間。
”自從戰争興起，邊防大臣受輿論的牽制，不能有所作為，所以譚綸上奏陳述此事。
而且巡撫劉應節果然有不同的意見，巡按禦史劉隨、巡關禦史孫代又彈劾譚綸專橫。
穆宗采納了張居正的意見，将練兵作戰的事情全部委托給了譚綸，并且告誡劉應節等人不要阻撓。
譚綸考慮邊地關隘、要道的險易，道路的遠近，将薊鎮分成十二防區，每個區設置一名小将，全軍總共分成三個營：東營駐紮在建昌守備燕河以東的地區，中營駐紮在三屯守備馬蘭、松太地區，西營駐紮在石匣守備曹牆、古石地區。
各位将領時常率兵操練，互相聲援，管理辦法周到明了。
當年秋季，薊鎮、昌平地區沒有警訊。
過去調集陝西、河間、正定的兵馬進行秋季防衛，到現在就全部罷除了。
譚綸剛剛上任在關塞巡視，對身邊的将領說：“秣馬厲兵，決定勝負于呼吸之間的方法适宜于南方；堅壁清野，鉗制侵略之敵的方法适宜于北方。
”于是他與戚繼光謀劃制訂作戰的方針、策略，并報告給朝廷，修築了三千多個屯兵禦敵台，從居庸關到山海關，控制着要害地區。
譚綸被召到京城擔任右都禦史兼任兵部左侍郎，協助處理軍務，禦敵台修成，他又招募了九千多名浙江兵駐守。
邊防經過此番大整治，敵人不敢前來侵犯。
他因功升任兵部尚書，兼任右都禦史，協助處理原來的事務。
當年冬天允許他回鄉休假。
神宗繼位，他出任兵部尚書。
萬曆初年，被加封為太子少保。
給事中雒遵彈劾譚綸不稱職。
譚綸多次上奏請求罷職，神宗下優诏挽留他。
萬曆五年(1577)，他死于任上。
被贈封為太子太保，谥号襄敏。
譚綸前後緻力兵事三十年，殲敵二萬一千五百人。
曾經酣戰，刀刃上的血浸染了手腕，多次沖洗才清除。
他與戚繼光共事又共享聲譽，史稱“譚、戚”。