宋禮疏浚整治舊渠測量水平高度，計算出濟甯的平地與徐州的境山之巅相持平，北面高南面低，河流落差達二十丈。
所以魯橋閘稍稍開啟，其南面就馬上幹涸，船行駛半個月才能抵達。
東昌、兖州的百姓增設閘門以擡高水位，一百六十年都出苦力服差役。
近來改鑿新渠，遠遠地避開黃河，舍低就高，地形平坦，各座閘門不必繁瑣地開啟與關閉，船一天可以航行一百多裡，民夫、差役基本上無事可做。
最近河道都禦史翁大立奏請裁減民夫，應該可以聽從。
”因此淘汰了五名閘官，六千多餘民夫和差役，用這些雇工的開支作為修渠的經費。
隆慶四年(1570)秋天，黃河在睢甯決堤，啟用潘季馴全權負責。
第二年冬天，巡視河道的給事中雒遵彈劾罷免了潘季馴，稱可以出使的朝廷大臣，沒有超過朱衡的人。
六年正月诏令他兼任左副都禦史，負責整治河道。
穆宗逝世，大學士高拱以修山陵的工程的名義奏請召回朱衡。
遇上邳州的工程也剛好完工，朱衡就返回了朝廷。
朱衡先後在工部禁止無益工作，裁減多餘的開支，節省的經費很多。
穆宗時期，内府的監局加征工程的材料，濫開支不做估量，朱衡随時提出來奏呈皇帝。
不久，诏令南京的織造太監李佑催辦一千八百多匹袍緞，朱衡趁着言官孫枝、姚繼可、嚴用和、駱問禮先後勸谏之機，再度上奏請求，皇帝依從了他。
皇帝痛斥太監崔敏，傳令南京增造十多萬匹綢緞，朱衡建議停止新增的紡織額，隻責成每年的定額，得以減少了三分之二的新增紡織額。
皇帝命令建造鏊山燈，估計要耗費三萬多兩白銀，又命令在長信門建造光泰殿、瑞祥閣，朱衡都上奏勸阻了。
等到神宗即位，首先就命令停止織造，但太監不馬上奉行诏令，并且請求增添織染所的顔料。
朱衡上奏争辯，都請求成功了。
皇太後傳谕撥發金币在涿州修造碧霞元君廟。
朱衡又争辯，皇帝答複知道了。
朱衡性格剛直，遇事不屈服，不被張居正所喜歡。
萬曆二年(1574)，給事中林學..彈劾朱衡剛愎自用。
朱衡再度上奏請求退休。
诏令加封他為太子太保，乘驿車回鄉。
當年夏天，大雨毀壞了昭陵的绫恩殿，追究督工官的罪，剝奪了他的太子太保頭銜。
他七十三歲去世。