潘季馴，字時良，烏程人。
嘉靖二十九年(1550)的進士。
授職為九江推官。
升任禦史，為廣東巡按。
推行均平裡甲法，廣東的人覺得大為便利。
臨到将離職時，他還上奏請求告誡後來的人遵守此法，皇帝依從了他。
晉升為大理寺丞。
四十四年，他由左少卿晉升為右佥都禦史，總管河道。
他與朱衡共同開挖新河，被加封為右副都禦史。
不久因奔父母的喪事而離職。
隆慶四年(1570)，黃河在邳州和睢甯決堤。
他出任原職，再度負責河道，堵塞決口。
第二年，工程完成，因驅使漕運船隻進入新河漂散沉沒了很多而獲罪，被勘河給事中雒遵彈劾而遭罷免。
萬曆四年(1576)夏天，他再次出任官職，擔任江西巡撫。
第二年冬天，被召為刑部右侍郎。
當時，黃河在崔鎮決口，滔滔黃水向北奔流，清河口淤塞，整個淮河河床南移，高堰的湖堤嚴重損壞，淮、揚、高郵、寶應地區都是一片汪洋。
大學士張居正很憂慮。
河漕尚書吳桂芳提議恢複先前的黃河故道，但是總河都禦史傅希摯想堵塞決口，約束河水回歸河槽，兩個人的意見不合。
遇上吳桂芳去世，六年的夏天，皇帝任命潘季馴任右都禦史兼任工部左侍郎取代他。
潘季馴認為黃河故道長期廢置，雖然再疏浚，它的深度和寬度必定不如現在的河道，提議在崔鎮築堤堵塞決口，築長堤以防止潰決。
又上奏：“淮河清澈黃河混濁，淮河水弱黃河水強，一鬥黃河水，沙占十分之六，夏秋時期達到十分之八，如果不是很湍急，必然導緻淤塞滞流。
應借淮河的清水沖刷黃河的濁水，在高堰築堤約束淮河的水流入清口，使之與黃河的水勢匹敵，兩條河水合流，那麼海口就自然疏浚了。
就是吳桂芳所開辟的草灣也可以不再修治。
”他條陳六件事，诏令同意他的意見。
第二年冬天，兩條河的工程完工。
第三年春天，他被加封為太子太保，升任工部尚書兼左副都禦史。
潘季馴初次到黃河上遊，視察虞城、夏邑、商丘，估量地勢。
舊黃河的上遊，從新集經過趙家圈、蕭縣，徐州小浮橋，水勢極為深廣。
自從嘉靖中期黃河北移，河床變淺，遷移無常，曹、單、豐、沛地區人民常受淹沒之苦，他上奏請求恢複舊河道。
給事中王道成認為剛在崔鎮、高堰築堤，很難同時興工。
河南的撫按大臣也陳述三個困難，于是終止