說運糧軍士的困苦，請求即刻進行撫恤。
又因為黃河經常決堤，漕運通道終于被梗塞，他想恢複海運，上奏稱：“自從會通河開通以來，已經很久沒人提海運之事。
我近來在山東任官，曾經逐條陳述此議。
巡撫都禦史梁夢龍毅然嘗試，無所阻滞，但是有顧慮者總是擔心風浪危害。
南海域，全國衆多的河流彙注那裡，渺茫一片沒有山島，連躲避風浪的地方也沒有，越往南方海水溫度越高，它是蛟龍的巢穴。
所以元代的人對海運很驚駭，因而從太倉、嘉定向北航行。
如果從淮安向東，經過登、萊，停靠天津，此稱為北海，其中島嶼很多，可以避風浪。
又因為它的地勢高多礁石，蛟龍出沒卻沒有巢穴。
所以登州有海市，由石氣與水氣相互搏擊，映在石上就形成了，石氣能夠超出水面，因為石頭離水近的緣故。
北海較淺，就是明顯的應驗。
可以彌補運河的不足，沒有比這更便利的事情。
”他趁勢逐條上奏陳述了七件便利的事情。
第二年三月運送十二萬石米由淮安入海，五月份抵達天津。
陳述功績時，他與梁夢龍一起晉級，被賞賜金币。
但是南京給事中張煥稱：“聽說有八艘船漂走或沉沒了，損失三千二百石米。
王宗沐預計有此損失，私下派人買糧補充。
米可以補充，人命可以補充嗎？王宗沐掩飾視聽，不合乎大臣的道義。
”王宗沐上奏争辯，請求核查。
皇帝下诏施行先前的意見，熟習海運路徑以防緊急之事。
不久，海運船隊抵達即墨，刮起飓風，七艘船翻沉。
都給事中賈三近、禦史鮑希顔以及山東巡撫傅希摯都稱海運不便，因此就廢置了。
當時是萬曆元年(1573)。
王宗沐認為徐、邳地區的民俗蠻橫、兇悍，很奸詐、狡猾，沿海地區走私的鹽販出沒，六安、霍山地區暗中盜礦的人很多，奏請設置守将。
又召募豪俠富戶的三百多人充當義勇兵，責令他們追捕盜賊，此後都按功授予官職。
調任南京刑部右侍郎，改任工部職。
不久又升任刑部左侍郎，奉旨巡視宣、大、山西各鎮的邊防事務。
母親去世後他回鄉了。
萬曆九年(1581)，他在京官考核中被罷免，不予進職。
在家閑居十多年後去世。
被贈封為刑部尚書。
天啟初年，追授谥号為襄裕。