管印玺、重視巡查、長期巡城，定為命令。
而後，他又稱：“鄉裡百姓的疾苦隻有郡邑官員才能解決，郡邑的吏治隻有撫按監司才能清正。
撫安監司的風化，隻有部院能夠整治。
請求訂立條約頒布全國，獎勵清廉抑制貪贓，共同遵循官箴。
”神宗都下優诏答複可行。
萬曆二十二年(1594)他擔任吏部尚書。
孫丕揚剛直不屈，衆官不敢徇私，隻憂慮顯貴的太監的拜訪。
于是他創立抽簽法，大選特選官吏，全部聽憑他們自己抽簽，請托屬意之事無法施行，一時間選拔的人盛贊他無私，選官之事從此大變。
萬曆二十三年(1595)全面考核京城之外的官吏。
九江知府沈鐵曾經擔任衡州同知，揭發巡撫秦耀的罪行，江西提學佥事馬猶龍任刑部主事時，判定禦史祝大舟收受賄賂，于是庇護祝的人憎恨。
考功郎蔣時馨罷黜了他，孫丕揚沒有察覺。
等到蔣時馨被趙文炳彈劾，孫丕揚極力替他辯解。
稱此是丁此呂的罪過，丁此呂遭逮捕。
孫丕揚又極力抨擊沈思孝，因此沈思孝和員外郎嶽元聲接連上奏攻擊孫丕揚。
孫丕揚極力懇請離去。
當年冬天，神宗因為軍政事務，貶責了兩京三十多名言官。
孫丕揚仍在休假，就與九卿極力勸谏，神宗沒接納。
不久，神宗厭惡大學士陳于陛進行救助，将各位言官貶到邊關。
孫丕揚等人又上奏勸谏，神宗因此更加惱怒，将他們全部除名。
起初，神宗雖然很想任用孫丕揚，但不甚信任。
有所舉薦，都錄用了列在第二位的候選者。
多次請求啟用罷官的人，都宣告作罷。
孫丕揚因為不得志，已經有了離去的打算，因此閉門不出達半年。
十三次上奏，都沒有答複。
到了四月，神宗下溫诏勉勵、挽留，他才又開始辦事。
主事趙學仕是大學士趙志臯的族弟，因為犯事而面臨降職，文選郎唐伯元将他定為饒州通判。
不久趙學仕又因為以前的事遭攻擊，給事中劉道亨彈劾吏部趨炎附勢，言辭觸犯了孫丕揚。
博士周獻臣的陳述，也對他頗有觸犯。
孫丕揚懷疑劉道亨受同僚周孔教的指使，周獻臣又是周孔教的同宗，更加懷疑，又多次上奏請求退休。
最後寫信給大學士張位，懇求他起草旨令同意放他回鄉。
張位照他的話辦了。
孫丕揚聽說了，又大為憤恨，稱張位排擠自己，上奏極力抨擊張位和劉道亨、周孔教、周獻臣、沈思孝。
神宗得到奏疏，認為孫丕揚不正直。
張位也上奏辯解，請求告退，神宗又下诏安慰、挽留，而且張位的同僚陳于陛、沈一貫也替張位開