郭惟賢，字哲卿，晉江人。
萬曆二年(1574)進士，從清江知縣征拜為南京禦史。
張居正已經死了，吳中行、趙用賢等還未被啟用。
恰好皇長子出生，皇上下诏赦免天下，郭惟賢因此請求召回被貶的大臣。
馮保很讨厭這話，因此将他貶為江山縣丞。
馮保因罪被處置後，郭惟賢官複原職。
彈劾左都禦史陳..看權貴眼色行事，将禦史趙耀、趙應元彈劾罷職，因此不能再掌管監察事宜。
陳..被免去職務。
他又推薦王錫爵、賈三近、孫钅龍、何源、孫丕揚、耿定向、曾同亨、詹仰庇，這些人都被征召。
主事董基勸谏皇宮内操練之事被貶，郭惟賢援救他，違背聖旨，調任南京大理評事。
給事中阮子孝、禦史潘惟嶽等相繼上疏救助，皇上發怒，不同程度地扣發了這些人的俸祿。
郭惟賢不久升戶部主事，後擔任過順天府丞。
萬曆二十年(1592)以右佥都禦史身份巡撫湖廣。
景王分封在德安府，田土比别的藩王多一倍多，藩國絕滅後景王的賦額還在征收。
等到皇上弟弟潞王分封在衛輝，将景王的賦稅都給了他。
潞王上奏說賦稅不到規定的數目，皇上停發監司以下官職的俸祿，下令巡按趕緊奏報。
郭惟賢說：“景府的賦額都是奸民投獻的，亂說數目，我為潞王勘察田畝，增加賦稅二萬五千，不是像以前奏報的那個假數目，潞王反而說不足，為什麼？況且潞王府離湖北很遠，不如讓有關官吏征收，