第三天，艾穆、沈思孝的奏也呈上。
張居正發了火，與馮保商量，欲廷杖他們。
翰林院侍講趙志臯、張位、于慎行、張一柱、田一隽、李長春，修撰習孔教、沈懋學都上奏救他們，但奏疏都被阻止沒有上報。
學士王錫爵于是會同數十人，找張居正求和解，張不接受。
于是廷杖吳中行等四人。
第二天，進士鄒元标上疏争辯，也被廷杖。
這五個人正直的名聲震動天下。
吳中行、趙用賢并稱吳、趙。
南京禦史朱鴻谟上疏救援五人，也被斥責。
吳中行等受了廷杖後，校尉用布将他們拖出長安門，用木闆擡着，當天就驅趕出都城。
吳中行氣息都沒有了，中書舍人秦柱帶來了醫生，喂服了一勺子藥，才蘇醒。
用車載着他南歸，歸家後，挖出腐肉數十塊，大的如手掌，深寸許，一肢都挖空了。
萬曆九年(1581)全面考核京官，把五人列于考察名單上，将其禁锢不讓任職。
張居正死後，曾士楚應當巡按蘇、松地區，他慚愧地說：“我有什麼面目去見吳、趙二位大人呢！”于是聲稱有病走了。
陳三谟已被提為太常少卿，不久與曾士楚都被彈劾而削去職務。
朝廷大臣一起推薦吳中行，下诏起用為原官職，升為右中允，值經筵。
大學士許國攻擊李植、江東之，诋毀吳中行、趙用賢是他們一派的。
中行上奏辯白，因而乞求回鄉，皇上沒有答應，又升為右谕德。
禦史蔡系周彈劾李植，又提到中行，中行請求免職，上了四道奏章。
皇上下诏賞賜白金、文绮，乘驿馬回去。
後來言官屢屢推薦他，執掌大權的人有意抑制，不召他回京城。
過了很久，起用為侍講學士，執掌南京翰林院。
同裡之人佥事徐堂吉曾彈劾吳中行，事情已經了結，給事中王嘉谟又重提舊事彈劾他，朝廷命令他呆在家中等待征召。
不久就死了。
後贈為禮部右侍郎。