右庶子，改任南京祭酒。
推薦舉人王之士、鄧元錫、劉元卿，請加強聖學。
又請求設立儲君，饒恕言官李沂罪過。
三年後，提升為南京禮部右侍郎。
因為吏部郎中趙南星的推薦，改在京城任此職。
不久，又以本官兼任教習庶吉士。
萬曆二十一年(1593)，王錫爵又進入内閣。
起初，趙用賢回南方時，吳中行、沈思孝、李植、江東之已經被貶，或被罷官，故執政的人很安心。
這時，趙用賢又以争三王同時分封的話中牽涉到王錫爵，被王錫爵所懷恨。
改任吏部左侍郎，與文選郎顧憲成辯論人才，群情激憤，王錫爵頗感不安。
趙用賢過去所回絕婚約的吳之彥，是王錫爵的裡人，當時以佥事之職遭人彈劾當罷官，唆使他的兒子吳鎮攻擊趙用賢論财趕走女婿，蔑視法律廢棄倫理。
趙用賢上疏辯解，乞求退休。
皇上下诏讓禮官評議。
尚書羅萬化以吳之彥是他的門生，怕引起嫌疑極力推辭。
王錫爵于是上疏說：“趙用賢輕易地回絕，吳之彥後來才揭發，都有過失。
現在趙的女兒已出嫁了，難以詢問當時的盟約，吳的兒子還沒結婚，不能再反坐定罪。
想采取折衷的辦法，應讓趙用賢稱病歸家，而寬恕吳之彥。
”皇上下诏同意了。
趙用賢于是免職回鄉。
戶部郎中楊應宿、鄭材又極力诋毀趙用賢，請依據法律從事。
都禦史李世達、侍郎李祯上疏替趙用賢抱不平，責備兩人谄媚，于是遭攻擊。
高攀龍、吳弘濟、譚一召、孫繼有、安希範等都因申救被降職。
從此朋黨之争更加激烈。
吳中行、趙用賢、李植、江東之首創于前，鄒元标、李南星、顧憲成、高攀龍繼續。
言官更加注意品評執政之人，執政也日與其争持。
水火不相容，到明代滅亡才停止。
趙用賢身長肩聳，意氣風發，有經世大略。
蘇、松、嘉、湖諸府，财賦占天下的一半，老百姓貧困。
趙用賢做庶子時，與進士袁黃商量了十天十夜，列出十四件事奏上。
申時行、王錫爵認為吳人不應當談論吳事，讓皇上下聖旨嚴厲責備了他，建議沒有實行。
在家住了四年後死去。
天啟初年，贈為太子少保、禮部尚書，谥号文毅。