為人臣，轉移孝道而侍奉君王，沒有聽說剝奪他人孝行的。
用禮義廉恥教育天下唯恐不夠，竟然将其剝奪，使天下做人家兒子的，都忘了對父親養育三年的愛心，綱常淪落了。
到那時想用法律整頓，怎麼辦得到呢？陛下果真眷念張居正，當用道德來愛護他，讓他能奔喪盡孝，使他保全大節，那麼就綱常樹立而朝廷端正，朝廷端正則百官、萬民莫不端正，災變也沒有不可消除的。
”
當時吳中行、趙用賢請皇上讓張居正奔喪，将父親埋葬後再回到朝廷，而艾穆、沈思孝直接請求讓他服三年之喪，所以，張居正尤其惱怒。
吳中行、趙用賢杖六十下，艾穆、沈思孝杖八十下，另加手铐，置于诏獄中。
過了三天，用木闆擡出城門，艾穆派往戍守涼州。
由于傷太重不醒人事。
不久蘇醒過來，于是派往戍守所。
艾穆是張居正的鄉人。
張居正對人說：“昔時嚴分宜沒有同鄉攻擊他，我不能與嚴分宜相比。
”萬曆九年(1581)，全面考核官吏，又将艾穆、沈思孝置于考察的名冊上。
等到張居正死了，言官争相推薦他。
艾穆起用為戶部員外郎。
任為四川佥事，逐漸升至太仆少卿。
萬曆十九年(1591)秋天，提拔為右佥都禦史，巡撫四川。
前任崇陽知縣周應中、賓州知州葉春及行為義氣過人，艾穆推薦他們代替自己，皇上沒有回答。
已經上任，有人報告播州宣慰使楊應龍叛亂，貴州巡撫葉夢熊請求征讨。
四川人大多說楊應龍勢力強，不可以輕而易舉征讨，艾穆也不想用兵，與葉夢熊意見不同。
朝廷命令兩位撫臣一同考察，楊應龍不願到貴州，于是将他逮捕到重慶，對質後按罪當斬，楊應龍貢上物品贖罪，艾穆讓他回去了。
艾穆生病回鄉，沒有多久就去世了。
後來楊應龍叛亂，議論的人追究艾穆的罪過，皇上奪去他的職務。