懷恨在心，遂與江東之、劉應秋等勾結，命令李三才屬意趙文炳。
皇上讨厭蔣時馨，罷了他的官。
沈思孝等上疏辯解，而且請求離職。
孫丕揚說蔣時馨沒有罪，丁此呂受賄有證據，沈思孝不當庇護他。
沈思孝于是将丁此呂的訪單呈上，乞求回家。
訪單是吏部考察官吏時，咨詢大家的意見以定賢否，朝廷大臣因此把所見所聞的寫下來給掌管考察的官吏。
事情大都符合事實，然而有時也有人中傷自己讨厭的人。
皇帝下诏安慰、留任孫丕揚，逮捕丁此呂，責備沈思孝。
禦史俞價、強思、馮從吾，給事中黃運泰、祝世祿，都為蔣時馨伸冤，言語中觸及到沈思孝、江東之。
給事中楊天民、馬經倫、馬文卿又各自彈劾沈思孝，大抵上是說趙文炳的上疏是由沈思孝指使的，借以動搖孫丕揚的地位。
沈思孝多次乞求罷官，同時抨擊孫丕揚辜負了國家。
員外郎嶽元聲說大臣互相攻擊，應兩方都罷官，好像是指責孫丕揚、沈思孝兩人，其實是特地攻擊蔣時馨和孫丕揚。
奏疏剛上，趙文炳突然改變他的說法，說：“嶽元聲、江東之根據沈思孝的意思，強迫臣救丁此呂，彈劾蔣時馨，并不是我自己的意思。
”皇上都置之不理。
沈思孝素以正直聞名天下，然而尚義氣、好勝，動不動就得罪人。
因為丁此呂的原因，很為廷臣議論了一陣。
蔣時馨、丁此呂都不是堂堂正正的人，孫丕揚、沈思孝也各有所左右。
第二年，禦史林培請求辨明忠誠與邪惡，又極力诋毀沈思孝、江東之，并且說：“孫丕揚閉門半年，上了十次辭職的奏疏，意在一定要得到批準才停止。
沈思孝則閉門沒有多久，就見馮從吾、黃運泰等被罷官，說為了安慰我，罷免五六個言官，朝廷不難辦到。
此人不免職，将為害朝政。
”皇上念及沈思孝的忠厚，貶了林培的官職。
乾清宮發生火災，沈思孝請求舉行皇長子冠禮儀式以回答天意。
又以日本封貢的事情失敗，請求立即做戰守準備，并且彈劾趙志臯、石星誤國的罪行。
這年秋天，孫丕揚離職，沈思孝也稱病回鄉，皇上下诏讓他乘驿馬歸家，朝廷的議論才停止。
過了很久，孫丕揚再次起用為吏部尚書，禦史史記事再次诋毀沈思孝與顧天翪合謀想陷害孫丕揚。
顧憲成、高攀龍極力證明他是被誣告，而沈思孝已經死了。
天啟中，沈思孝被贈為太子少保。