珠填屋，誰替你守護呢？”皇上也不答複。
萬曆三十年(1602)，皇上生病，下诏罷礦稅，轉眼之間又下诏停止罷免礦稅。
李三才極力陳明國家形勢危急，請立刻頒下前面停礦稅的诏書，皇上不聽。
清口水幹涸阻礙了漕運。
李三才建議開渠建閘，花費二十萬，請求留下漕糧接濟。
督儲侍郎趙世卿力争，李三才于是聲稱有病請求離去。
皇帝讨厭他回避，同意了。
淮揚巡按禦史崔邦亮，巡漕禦史李思孝，給事中曹于汴，禦史史學遷、袁九臯交上奏章乞求把李三才留下。
史學遷說：“陛下因為陳增的原因，想去掉李三才，托詞解除了他的官職。
近年來宦官四出，海内沸騰。
李盛春的去職因為王虎，魏允貞因為孫朝，前任漕臣李志也是因為礦稅事。
其他官吏離開崗位的，不可勝數，現在李三才又接着要被去職。
淮上軍民因為李三才被罷官，想找陳增算帳，陳增避門不出。
李三才不當離職可想而知。
”皇上對上疏仍不予理睬。
李三才于是離開徐州，接連上疏請求找人替代他，未得到命令。
正好侍郎謝傑代替趙世卿為督儲，再次請求讓李三才留下。
皇上于是命令李三才繼續任職以等待代替的人，皇上也終究沒有派遣代替的人。
第二年九月又上疏說：“近來雷電擊中了陵寝，大風拔起了樹木，洪水滔天，天變到了極點。
趙古元剛被肢解于徐州，趙大榮在亳州被砍頭，而睢州的大盜又出現了，人心的離散到了極點，陛上每當有征求時，必定說：‘内府已很匮乏。
’如果内府果然匮乏，那是國家的福氣。
所謂皇上瘦弱而天下肥，實際上不是這樣。
陛下所謂的匮乏，是黃金沒有遍地，珠寶玉石沒有堆到像天那麼高。
小民飯都吃不飽，又來搜刮，鞭打沒有止盡，道路上全是囚犯，官吏唯有請求罷官，老百姓唯有一死，陛下難道還不引起警惕嗎！陛下不要說臣危言聳聽、言過其實，真的到了這一步，哪有陛下安身的地方呢！”皇上也不回答。
不久，睢州的盜匪被擒獲。
李三才因此上奏施行幾件事，境内安甯。
歙縣人程守訓以納财得中書官職，他為陳增的随從。
驕橫跋扈，所到之處為他舉行盛大的儀式，允許人告密，連婦女、兒童也拷問。
他害怕李三才，不敢到淮上。
李三才彈劾整治他，得到他的贓物數十萬。
陳增害怕連