請求朝見皇長子，高喊萬歲，把他迎奉到文華殿接受大臣們的朝拜，送他到慈甯宮居住。
周嘉谟上奏說：“陛下擔負着國家社稷的重任，進出應該慎重。
大小裝殓，早晚的哭臨，應該等大臣們到達後才進行。
”皇長子點頭同意了。
各大臣商議協定，皇長子在九月六日即位，李選侍照舊居在乾清宮，還想挾持皇長子同她住在一起。
周嘉谟急忙起草奏疏帶着朝中大臣請求皇帝轉移宮室，左光鬥、楊漣跟着上疏。
五日，李選侍才移到仁壽殿。
這時重大事故接連不斷，國家很不安定，首輔方從哲遲疑不決，劉一火景、韓火廣又是第一次主持朝政，周嘉谟在朝中執政，主持大議，朝廷内外十分倚重他。
神宗皇帝末年，齊、楚、浙三個派系執掌朝政，控制貶谪、提拔官吏的權力，吏部都做不了主。
等到周嘉谟主管選拔權，隻任用那些有才幹的人。
光宗、熹宗相繼登位。
周嘉谟大規模起用被廢免的官員，朝廷之中全是年長而有德望的人。
一向被稱作三大派系的首領和結黨亂政的人，也漸漸自行引退，朝中的污濁之風也為之一清。
此後，極力陳述吏治衰敗，請求指定讓巡撫、按察使、監司等部門辦好這件事。
報告官員的政績，大多用四六骈體語，不能反映實情。
周嘉谟請求用六件事作為評定官員的标準：一為操守，二為才幹，三為心術，四為政績，五為年限，六為相貌。
各自按實注明，不要用空洞的言辭裝飾。
皇帝認為很好，加以實行。
天啟元年(1621)，禦史賈繼春獲罪。
他的同事張慎言、高弘圖上疏開脫他的罪責，皇帝想把他們一起治罪。
周嘉谟等人極力為他們說情，于是隻停發張慎言、高弘圖的俸祿而已。
朱欽相、倪思輝被貶，周嘉谟也為他們伸張正義。
給事中霍維華希求魏忠賢指責彈劾王安，把他弄死。
周嘉谟憎惡他，把霍維華放逐到外地。
魏忠賢很惱怒，唆使給事中孫傑彈劾周嘉谟受劉一火景的囑托為王安報仇，并且以任用袁應泰、佟蔔年等人作為周嘉谟的罪過。
周嘉谟請求辭職，魏忠賢假傳聖旨答應了他。
大學士葉向高等人請求留用周嘉谟繼續完成百官考察之事，不聽。
第二年，廣甯失陷。
周嘉谟備感憂憤，立即上疏彈劾兵部尚書張鶴鳴主戰誤國的罪行。
天啟五年(1625)的秋天，魏忠賢的黨徒周維持再次彈劾周嘉谟有意庇護王安，于是周嘉谟被削籍為平民。
崇祯元年(1628)被推薦起用為南京吏部尚書，加封太子太保。
第二年，死在任上，時年八十四歲，贈為少保。