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天啟二年(1622)四月，孫慎行回到朝廷，上疏說：
“先皇帝死得這麼快，雖然說有舊病，實際上是治病的人用藥不慎重。
讀官府的報紙，得知李可灼的紅丸是首輔方從哲進獻的。
李可灼不是宮内太醫，紅丸不知道是什麼藥，卻竟敢那麼快地進獻給皇帝。
往昔許悼公喝太子藥而死，太子就自殺了，《春秋》還記載為弑君。
然而方從哲應該如何處置？快點拿劍自殺向先皇帝謝罪，是上等行為；關了門躺在草席上，等候司法部門處理，是次等行為。
他卻竟敢如此兇狠不加任何考慮。
等到滿朝大臣一起攻擊李可灼時，方從哲隻是命令他回家休整，難道不是因為自己舉薦了李可灼，恐怕跟他一起受處分嗎？我以為方從哲縱然不是有心弑君，卻造成了弑君的事實；想要洗刷弑君的罪名，難逃弑君的事實。
《實錄》中如果想要替君父避諱，不得不直接寫上方從哲連續進獻二顆藥丸，皇帝片刻駕崩，恐怕到了後代，要想真相大白于天下，是不能夠了。
“然而方從哲的罪行實在不止于此。
首先有皇貴妃想立為皇後的事情。
自古以來沒有皇帝一死就立皇後的。
倘若不是禮官上疏，言路極堅持，豈不是要嫁禍于國家嗎！其次有谥号皇祖為恭皇帝的事情。
遍考晉、隋、周、宋各朝，凡是末代亡國的君主都谥号為“恭”，方從哲卻将它加在我朝皇祖的頭上，難道真是不學無術，實際是在詛咒我國已經快要亡國了，其居心何在？最後有選侍垂簾聽政的事情。
劉遜、李進忠這二個些微小臣，何至于如此大膽，口出狂言。
或以為二小臣早就把黃金寶物送到方從哲家，如果不是九卿、台谏極力請求移宮，選侍一旦得志，陛下将無立足之地。
聽說那時方從哲遲遲不肯進奏，科臣催促他，他卻說遲幾天沒關系。
放任太監肆意嚣張，忍心看着皇上不安，做大臣的應該像這樣無動于衷麼？
“我在禮部說有關禮的事情。
他罪惡滔天，毫無生路可言。
至于其他督戰誤國，欺上徇私，縱情聲色，踐踏國法，冒犯天下名義，釀成國家災害的罪行，我不能一一列舉。
陛下應立即聲讨這賊臣，以雪不共戴天之仇。
不要問身旁的人，身旁的人都是方從哲巴結好了的。
不要拘禁忌諱的人，那些人都是方從哲布置好了的。
請求皇上立即誅殺李可灼，以洩神人之共憤。
”
當時全國都痛恨方從哲，孫慎行的言論雖過于尖刻，然而大家都認為他說得對。
看到身邊親侍多為方從哲說話，皇帝于是說：“方從哲一向忠誠小心，李可灼進藥本是先皇帝的意思。
你的話雖出于忠誠愛護，事情卻是傳聞。
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