同進封、移宮等事情，當天九卿、台谏官親眼看到的，當據實上報，用以釋解大家的疑慮。
”于是方從哲上疏辯解。
刑部尚書黃克缵偏袒方從哲，也為他曲意辯解。
孫慎行又上疏駁斥，說：“此前過于相信李可灼，罪在輕視進藥；此後曲意庇護李可灼，罪在不聲讨盜賊。
二者都不能開脫弑君的罪名。
方從哲說移宮有真憑實據，但各臣的請求是在初二，方從哲的請求是在初五。
那時奏章上疏送到乾清宮不送到慈甯宮已有三天，國家大事幾乎中斷，不是其他輔臣調查獲悉，與朝臣極力請求，其危害真是一言難盡啊！臣恭敬拜讀皇帝的诏書，其中說：‘輔臣的意義在于分管國事，替朕分擔憂愁。
現在這種局面，為何不代朕傳一句話，平息各種意見糾紛，君臣之間的大義到哪裡去了？’又說：‘朕不能忍受侮辱虐待，六七天都在日夜哭泣。
’方從哲是顧命元老重臣，假使他能稍微有所行動，何至于讓至尊的皇帝如此憂憤危險！他阿谀奉承太監是那麼多，感戴皇帝的聖明是如此少，所以膽敢侮辱皇帝的祖先，違抗皇帝的父親，而欺負皇帝陛下啊。
”最後又極力說明黃克缵的荒謬。
二疏章一起交朝廷讨論。
不久上報皇帝，隻是将李可灼下獄發配邊地，方從哲不問罪。
山東巡撫報告，五月中旬，大白天月亮和星星一齊出現了。
孫慎行以為非常怪異，上疏請求皇帝修身反省，語言非常直率中肯。
秦王朱誼氵患由庶受封，排行老四按規矩不應該封為郡王，重禮賄賂皇帝近臣，才得聖旨批準。
孫慎行堅決不接受诏書，三次上疏争辯，沒有結果。
七月稱病離職。
這一年冬天，朝廷推舉内閣大臣，以孫慎行第一，吏部侍郎盛以弘第二。
魏忠賢壓制不任用，任用顧秉謙、朱國祯、朱延禧、魏廣微，朝臣大吃一驚。
葉向高接連上疏請求任用孫、盛二人，最終沒有效果。
此後，魏忠賢氣焰嚣張，讨論編寫《三朝要典》，孫慎行列為“紅丸案”的首犯。
同黨張讷于是上疏極力诋毀，下诏剝奪官籍。
不久，劉志選又兩次上疏追查揭發，下诏撫按調查審訊，發配甯夏充邊，沒有出發，莊烈皇帝即位，赦免了他。
崇祯元年(1628)命令以原來官職協助治理詹事府，極力推辭不到任。
孫慎行操守嚴峻，品行純潔，為一代官吏之宗師。
朝士多數推舉他進入内閣，吏部尚書王永光極力排斥他，終究不被任用。
八年，推舉内閣大臣，幾次皇帝都不滿意。
最後把孫慎行、劉宗周、林钅幹的名字上報，皇帝立即召見他們。
孫慎行已經患病，剛到北京就死了。
贈封太子太保，谥号文介。