馮從吾，字仲好，陝西長安人。
萬曆十七年(1589)進士，改任庶吉士，授官禦史。
巡視宮城，宦官置備名帖求見，拒絕不見。
禮科都給事中胡汝甯奸詐狡猾、胡作非為，多次揭發都不離職。
馮從吾揭露他的邪惡，才把他調往外地，正值考核地方官員的時候，馮從吾嚴加巡視，行賄者銷聲匿迹。
萬曆二十年(1592)正月上奏章說：“陛下郊廟祭禮不親自參加，朝臣聚會不親自駕臨，奏章扣留在禁中不下發。
請看戊子(1588)以前，周邊國家效忠順服，天下太平；己醜(1589)以後，南有倭寇告急，北有強敵犯邊，天災人禍，層出不窮。
前者為勵精圖治的功效，後者是懈怠敗壞的災禍。
近來傳頌皇帝告谕，說皇帝身體欠佳，想以此為由自我掩飾，卻不知宮内敲鐘，聲音已傳于宮外。
陛下每晚必飲酒，每飲必醉，每次喝醉了必定發脾氣。
左右的人稍有一句話不對勁，就用亂棍打死，外廷沒有不知道的。
天地良心，難道是可以欺騙的麼！希望陛下不要以為天災不足畏懼，不要以為人言不足憂慮，不要以為目前的太平安定可以依賴，不要以為将來的危險動亂可以忽視，如此，則是國家社稷的大壞事。
”皇帝大怒，想處罰他廷杖刑。
正好趕上仁聖太後的壽辰，内閣大臣極力勸解得以幸免。
不久告假回家，起用巡視長蘆鹽政。
為政清廉，優待商人，奸猾之徒大為收斂。
回到朝廷後，正趕上皇帝因為軍事事務大批廢黜北京和南京的言官。
馮從吾也被剝奪官籍，還是由于先前上疏的緣故。
馮從吾生性純正而誠實，有志于濂、洛二個學派的理學，跟着許孚遠學習。
罷官回家，閉門謝客，用前輩學者的格言，對照自己的實踐，造詣更加深邃。
在家隐居二十五年，光宗即位，起用尚寶卿，提