升太仆少卿，全因為哥哥的喪禮沒有赴任。
不久改任大理寺。
天啟二年(1622)提拔為左佥都禦史。
才二個月，提升為左副都禦史。
朝廷讨論“三案”，馮從吾說：“李可灼拿至尊皇帝試驗藥物，卻同意他稱病回家，掌權者是何用心？至于梃擊這個官司，跟揭發奸人的各臣作對的人，就是奸人。
”因此衆太監讨厭他。
不久，與鄒元标共同創建首善書院，召集志同道合的人在裡面講學。
給事中朱童蒙上疏诋毀。
馮從吾說：“宋朝不興盛，是因為禁止講學的緣故，而不是講學的緣故。
我朝太祖、成祖宣揚‘六經’，皇帝布置講經史的幾席，皇太子出樓聽講，都是講學。
臣子期望皇帝講學，自己卻不去做，能行嗎？原大臣王守仁，在行軍打仗的空隙，還不忘記講學，終于成就偉大的功業。
這就是我們不計較名譽得失而興書院講學的原因。
”于是再次稱病辭職，皇帝下诏好言相勸，挽留他。
給事中郭允厚、郭興治又先後極力诋毀鄒元标。
馮從吾又上疏說：“我壯年時進入朝廷，就跟楊起元、孟化鯉、陶望齡等人創立講學會，直到我告病回家才停止。
北京講學，過去就有了，為什麼直到今天才被譴責？”于是再次上疏辭職。
天啟四年(1624)春天，起用為南京右都禦史，多次推辭沒有批複，征召授官工部尚書。
正好趙南星、高攀龍相繼離職，接連上疏極力推辭，讓他辭官回家。
第二年秋天，魏忠賢的黨羽張讷上疏诋毀馮從吾，剝奪官籍。
同鄉王紹徽一向懷恨馮從吾，等到在吏部任職，使喬應甲巡撫陝西，千方百計地搜集材料，但一無所獲。
于是毀壞書院，推倒先聖的像，丢在城角。
馮從吾非常憤怒、憂郁，得病死了。
崇祯初年，恢複官階，贈封太子太保，谥号恭定。