，然而這時國家政權根本不在内閣。
第二年二月，廣甯失陷，下诏停止每天的學習講讀。
周朝瑞等人上疏說：“這果真是皇帝的意思，輔臣應當據理力争。
如果輔臣迎合宦官的意圖，那麼過失就大了。
況且皇帝年輕，還沒有自己的明确主張，全靠早晨講解經史的機會，各臣能夠一睹皇帝的龍顔，一起揭穿指鹿為馬的奸計。
現在上朝的機會已逐漸減少，倘若再取消講解經史，深宮重重阻隔，無法會見，地方司馬的報告不能傳入，像呂大防一樣被貶職而不被人知，國家大事将毀于一旦了。
”正好禮部也有同樣的說法，于是下令照常舉行每天輔助皇帝講解經史。
不久，同各給事禦史惠世揚、左光鬥等人極力追究大學士沈翭勾結中官操練部隊，是窩藏在皇帝身邊的内奸。
沈翭上疏辯護。
周朝瑞等人徹底揭發他賄賂勾結魏忠賢、盧受、客氏，而末尾又涉及他的私黨邵輔忠、徐大化。
語言過于激烈，剝奪了首先上疏的惠世揚的俸祿。
徐大化曾受某個要人的指使，極力攻擊熊廷弼，周朝瑞讨厭他。
不久，王化貞丢棄廣甯逃跑，徐大化又請求立即殺死熊廷弼。
周朝瑞認為熊廷弼還有可用之才，請求讓他防守山海關，帶罪立功。
先後上了四次疏，都被扣壓沒有實行。
徐大化于是極力诽謗周朝瑞，周朝瑞被激怒了，也醜化诋毀徐大化。
有關部門為他們雙方排解。
周朝瑞剛被提拔為太仆少卿，而徐大化是魏忠賢的心腹，一定要殺死周朝瑞，将他的名字竄入汪文言案中，跟楊漣等五人一起逮捕，投進鎮撫司的監獄，判處胡亂議論“移宮”的事情以及接受熊廷弼賄賂一萬兩。
過了五天再審訊，嚴刑拷打，竟打死在獄中。
崇祯初年，贈大理卿，讓他的一個兒子做官。
福王時，谥号忠毅。