周起元，字仲先，海澄人。
萬曆二十八年(1600)鄉試考中第一名，第二年成為進士。
曆任浮梁、南昌知府，以仁愛廉潔著稱。
奉旨召見進入北京，授湖廣道禦史。
正在等候命令，趕上考核京官。
禦史劉國缙懷疑鄭繼芳的假信出自周起元、李邦華、李炳恭、徐缙芳、徐良彥的手筆，于是稱他們為“五鬼”，鄭繼芳也被列入奏疏中。
周起元憤怒了，上疏自我表白。
過了二年，禦史的任命才傳達下來。
恰巧太仆少卿徐兆魁因為攻擊東林黨人被錢春彈劾，周起元也上疏彈劾他。
奸詐小人劉世學這人，是誠意伯劉荩臣的堂祖父，上疏诋毀顧憲成。
周起元很氣憤，極力駁斥他的荒謬。
劉荩臣于是攻擊周起元，更加诋毀顧憲成。
周起元再次上疏極力辯論，他的同僚翠鳳羽中、餘懋衡、徐良彥、魏雲中、李邦華、王時熙、潘之祥也輪流逐條辯論。
皇帝将要下令逮捕劉世學，劉世學于是逃走了。
吏部侍郎方從哲由宮中傳旨起用，周起元極力說不行，并指責給事中亓詩教、周永春，吏部侍郎李養正、郭士望等人。
吏部尚書趙煥出巡雲中，王時熙在外地。
周起元彈劾他違抗旨令、獨攬大權，被定罪停發俸祿。
趙煥離職，鄭繼之代替，又任用潘之祥和張健。
周起元也上疏檢舉駁正，于是說張光房等五人不應當摒棄在官衙之外。
跟黨人意見不和，忌恨他的人越來越多。
不久巡撫陝西，很有風采。
終于因為東林黨的緣故，出任廣西參議，分道巡守右江道。
柳州發生大饑荒，各地盜賊紛紛湧現，周起元一個人騎着馬去招撫各盜賊，盡最大的努力救濟饑民。
改官四川副使，未到任。
恰好遼陽失陷，朝廷議論通州是軍事要地，應設置監司，于是命令周起元以參政的身份統領它。
天啟三年(1623)，他進入朝廷擔任太仆少卿。
不久提拔為右佥都禦史，巡撫蘇州、松江等十府。
公正廉潔、愛惜人民