，沒有拿一根絲、一粒糧。
遭遇大水災，千方百計地救濟災民，人民忘記了貧困。
織造中官李實一向貪财而橫行霸道，任意增加定額，放縱地索取。
蘇州同知楊姜管理本府事務，李實恨他不屈服，收集其他材料彈劾他。
周起元到任，立即替楊姜伸冤，并且上疏清除蛀蟲七件事，言詞很多涉及到李實。
李實想要楊姜向他行臣屬的禮節，再次上疏誣告并逮捕他。
周起元又一次上疏替楊姜昭雪，更加中肯直率。
魏忠賢庇護李實，下了道嚴厲的聖旨譴責周起元，命令趕快上報楊姜貪污的情形。
周起元更加稱頌楊姜廉潔謹慎，诋毀李實造謠诽謗，于是承擔罪責乞求離職。
魏忠賢大怒，假傳聖旨将楊姜貶斥為平民。
周起元又彈劾李實貪财放縱，不遵守法令的幾件事，而請求寬大處理楊姜。
李實因此威風掃地，而魏忠賢也因此将周起元懷恨不已。
分守參政的朱童蒙，早先是兵科都給事中，因為攻擊鄒元标講學而被調往外地，喪失理智，瘋狂殘暴，每次外出，都鞭打幾十人，血肉狼藉。
周起元想檢舉他，朱童蒙就稱病離職，周起元于是列舉他貪财暴虐的情形，讓别人知道。
魏忠賢于是假傳聖旨剝奪周起元官籍，提拔朱童蒙為京卿。
天啟六年(1626)二月，魏忠賢想殺高攀龍、周順昌、缪昌期、黃尊素、李應升、周宗建等六人，拿李實沒有蓋印的奏疏，命令他的黨徒李永貞、李朝欽誣陷周起元當巡撫貪污國家錢财十多萬兩銀子，每天跟高攀龍等人來往講學，因而在中間煽動。
假傳聖旨逮捕周起元，到京時周順昌等人已在牢裡死了。
許顯純嚴刑拷問，竟然招出同李實的奏疏所說，藏贓款十萬兩。
賣掉所有值錢的東西都不足此數，親戚朋友也多由此破産。
九月死于獄中，江蘇及其家鄉的官民沒有不悲傷的。
莊烈皇帝即位，贈封兵部右侍郎，讓他的一個兒子做官。
南明福王時，追加谥号為忠惠。