，那麼朝廷内将有魏進忠作為指揮，旁邊有客氏作為羽翼，朝廷外有劉朝等人舉兵示威，而又有郭鞏等人巴結攀附，内外勾結，将好人趕盡殺絕，國家的事情還有什麼可說的呢！”
奏疏遞入，魏進忠更加惱火，率領劉朝等人環立在皇帝面前哭訴，乞求自己剃去頭發受刑，想用這種刑罰來激發皇帝的憤怒，皇帝于是命令周宗建陳述他們相互勾結的實際情形，将加以嚴厲的譴責，周宗建回奏更加剛毅正直，魏進忠主張處以廷杖的處罰，内閣大臣極力争論，于是隻剝奪了他的俸祿，正好給事中劉弘化、禦史方大任等人紛紛上疏幫助周宗建攻擊魏進忠、郭鞏，郭鞏再次極力诋毀各人。
下诏讓廷臣讨論各奏疏，廷臣們的意見分為兩派。
于是降旨嚴厲斥責，剝奪郭鞏、周宗建三個月的俸祿。
這時，劉朝負責操練宮内士兵，于是謀求外任。
廷臣聽到一點風聲，都不敢站出來說話。
周宗建說：“郭鞏自己說他從沒有勾結内廷，現在果真能拿出片言隻語制止劉朝，請讓我為他洗刷勾結的罪名。
”郭鞏閉口不說一句話。
周宗建于是上疏極力進谏，一一陳述“三不可”、“九害”。
正好劉朝跟魏進忠有矛盾，事情也就中止了。
這年冬天周宗建被派出巡按湖廣，因赴父母喪禮回家。
天啟五年(1625)三月，大學士馮铨懷恨禦史張慎言曾議論過他，叫他的門生曹欽程彈劾誣陷張慎言，而以周宗建為首，并且包括了李應升、黃尊素。
魏忠賢于是假傳聖旨削奪周宗建的官籍，交給撫按追查贓物。
第二年魏忠賢認為有關部門結案太遲緩，派黃衣使者逮捕他治罪。
不久列入李實的奏疏中，下诏投入獄中毒打審訊，許顯純厲聲罵道：“還能罵魏上公目不識一丁嗎？”最終定罪接受熊廷弼賄賂一萬三千兩，将他在獄中殺死。
周宗建死後，追查贓款更加緊迫。
跟他親近的副使蔣英代他交納，也被定罪削去官籍。
魏忠賢失敗後，下诏追贈周宗建為太仆寺卿，蔭封他的一個兒子做官。
南明福王時，追贈谥号忠毅。