黃尊素，字真長，浙江餘姚人。
萬曆四十四年(1616)進士，任命為甯國推官，精敏強幹。
天啟二年(1622)提拔禦史，請假回家。
第二年冬天回到朝廷，上疏請求召回餘懋衡、曹于汴、劉宗周、周洪谟、王紀、鄒元标、馮從吾，而彈劾尚書趙秉忠、侍郎牛應元、通政丁啟睿愚蠢遲鈍。
趙秉忠、牛應元都辭職離開了。
山東起義被鎮壓後，起義軍餘部又煽動起來。
巡撫王惟儉無法控制，黃尊素上疏議論。
于是說：“巡撫本來是從内外選拔任用的，現在都任用京官，不如推舉任用訓練有素的地方官員。
”又多次陳述邊防事務，極力诋毀大将馬世龍，違背了樞輔孫承宗的意圖。
這時皇帝即位已有好幾個年頭了，從沒有召見過大臣。
黃尊素請求恢複在便殿面對面召見大臣的先例，當面決定國家大事，否則也可利用講解經史的機會，讓大臣們面對面商讨可不可以執行。
皇帝沒有采納。
天啟四年(1624)二月，大風吹起黃沙，昏天蔽日，還伴有敲鼓一般的響聲，一連十天都是如此。
三月初一，京師發生三次地震，乾清宮震動得尤其厲害。
正好皇帝身體欠佳，人心惶惶不可終日。
黃尊素極力陳述時事政策的十大過失。
最後說：“陛下壓制輕視言官，使人人都有所忌諱，這才有人隻提些皮毛小事，不敢冒犯當權者。
現在近臣重過趙娆，禁旅與唐末相近，蕭牆之禍患比敵國還慘。
“朝廷沒有運籌帷幄的大臣，邊防沒有制敵取勝的将領。
掌權的人對國家的安危愚昧無知，搗亂的人對于失敗的局面多方掩飾。
不在此時舉薦賢才斥退不肖之人，反而厭惡剛毅正直的人，把他看作仇敵，陛下難道就不為國家考慮嗎？”
奏疏遞入，魏忠賢大怒，圖謀将他處廷杖刑。
韓火廣大力營救，于是隻剝奪一年俸祿。
不久楊漣彈劾魏忠賢，被下旨責備。
黃尊素很憤怒，接着上疏，大意說：“天下有政權歸于近旁寵幸之人，皇帝大權旁落，而國家太平英明的嗎？天下有中外紛擾，沒有不想從瓜分國家得到一份好處，而還能将國家交給左右的人嗎？陛下一定以為曲意奉承，小心謹慎的人可以重用，不知道不遠離這些人，就不能使無所畏忌的人得到任用。
陛下一定認為隻有我才能駕馭，不知道不能駕馭時，則已不可收拾了。
陛下自登基以來，公卿台谏一個接一個地被罷免回家，使得在位的人沒有長遠打算。
這還不叫孤立，卻将一個近侍的離開