叛黨曹欽程揭發他專門攻擊好人，助長了高攀龍、魏大中的嚣張氣焰，于是被削籍為平民。
黃尊素忠誠正直敢于說真話，尤其有深謀遠慮。
剛進入官府時，鄒元标确實幫助過他，黃尊素就進言規勸鄒元标說：“都城不是講學的地方，以前就有徐文貞聚衆議論的先例。
”鄒元标沒有聽取采納。
楊漣将要攻擊魏忠賢，魏大中告訴了他，黃尊素說：“清除皇帝身邊的人，一定要有内援。
楊公有這樣的人嗎？一旦攻擊不能奏效，我們這些人将無法生存了。
”萬火景死，黃尊素暗示楊漣辭職，楊漣不聽，最終惹禍上身。
魏大中将要彈劾魏廣微，黃尊素說：“魏廣微是小人之中的小人，過快地攻擊他，他會铤而走險的。
”魏大中不聽，魏廣微更加投靠魏忠賢，從而釀成了大災難。
這時，東林黨充滿朝廷，東林黨自身又以來源地的不同分為幾個派系。
江西章允儒、陳訓跟魏大中有過節，而魏大中想駁斥尚書南師仲濫發撫恤，陝西人也不大高興。
黃尊素趕忙告訴魏大中，制止了他。
最後，山西尹同臯、潘雲翼想推舉他們的座主郭尚友為山西巡撫，魏大中因為郭尚友幾次追究前朝留下來的大臣，執意不同意。
黃尊素引用杜征南多次聯系洛陽一帶的權貴為例勸告他，魏大中最終沒有聽取，推舉任用謝應祥，災難由此發生了。
汪文言剛下獄時，魏忠賢就想羅織各人的罪名。
不久，當他得知是黃尊素從中化解時，就更加忌恨了。
魏忠賢的黨羽也因為黃尊素多智謀，想殺死他。
正好蘇州一帶謠傳黃尊素想效法楊一清誅殺劉瑾的榜樣，讓李實充當張永的角色，傳授給他秘密的計謀。
魏忠賢非常害怕，派遣四個密探到蘇州一帶刺探情報。
侍郎烏程人沈演居住在家，報告魏忠賢說：“事情有眉目了！”當天派使者呵斥李實，拿走了蓋有圖章的空白奏疏，列上黃尊素七個人的姓名，于是逮捕他。
使者來到蘇州，碰到蘇州城内圍攻逮捕周順昌的旗官，城外的人攻擊逮捕黃尊素的人。
負責逮捕的人把逮捕證給丢了，不敢到達。
黃尊素聽說了，立即穿上囚服到衙門投案自首。
許顯純、崔應允嚴刑拷問，勒索贓款二千八百兩，五天一次追掠。
不久，得知獄卒将要謀害自己，黃尊素叩頭謝皇上、父親的恩惠，寫詩一首，于是自盡。
這時是天啟六年(1626)閏六月初一，終年四十三歲。
崇祯初年，追贈太仆卿，封一個兒子做官。
南明福王時，追封谥号忠端。