楚人更心懷不平。
有人說楊漣被逮捕時，路過麻城，楊漣是有罪的人，梅之煥跟他盤桓數日，痛哭流淚，應當削去梅之煥的官籍，實際上楊漣并沒有路過麻城。
不久，逆黨梁克順誣告他窩藏贓款，下诏追究他的贓款。
莊烈帝即位，于是免于追究，恢複官職起用他巡撫甘肅。
大敗河套的強盜，斬首七百多級，活捉一名部落酋長，招降六百多人。
第二年春天，敵人又一次大規模地侵入内地，大黃山一帶感染了天花傳染病。
各将請求乘機殲滅他們，梅之煥不同意，說：“嘲笑别人的災禍是不仁義的，乘别人的危難去攻擊算不上勇猛，還不如放棄它們，來樹立我們的恩德。
”于是不進攻。
過了一個月，群寇望着邊城拍着額頭哭着離去了。
冬天，京師戒嚴，有诏讓他去保衛京師。
将要出發，西部敵人乘空虛進犯河西。
梅之煥留下來，派兵埋伏在賀蘭山後面，在歸路上迎擊敵人，大部隊出水泉峽口，二戰二勝，斬首八百四十多級。
率領部隊向東前進。
不久兇悍的士兵王進才殺死參将孫懷忠等人叛亂，逃奔蘭州。
梅之煥于是向西進發平定了這次叛亂，又整頓軍隊向東出發。
第二年五月抵達京師，已經遲到了。
有诏書讓梅之煥上朝。
第二天又下诏讓梅之煥停職等候調查，這時溫體仁已掌握大權。
當初，溫體仁攻擊錢謙益，梅之煥上書保護他。
到這時，溫體仁記起前仇，于是給梅之煥處分。
梅之煥雖然是文士，卻有武将的才幹，善于射箭，被廢職後，沒有什麼可以表現。
他所在縣裡的深山裡有很多強盜。
梅之煥沒事，常率領健壯的勇士協助當地官員捉拿，沒有能逃脫的。
在這之前，甘肅發生兵變，逃跑的士兵害怕被捕殺死，往往逃至山谷中當強盜，強盜的勢力更加嚣張了。
到這時，數萬名強盜來攻打麻城，看到梅之煥的軍事部署，就引兵離開了。
皇帝追叙甘肅前後的功勞，恢複了梅之煥的官職，蔭封他的一個兒子，但最終還是沒有召用他。
第二年病死。