當初，王化貞等人逃跑後，從甯遠以西的五城七十二堡全部被哈喇慎各部所占領，宣稱幫助政府軍保衛邊防。
前哨遊擊左輔名義上駐紮中前所，實際上沒有離開八裡鋪。
孫承宗知道哈喇鎮各部不足以信任，而甯遠衛、覺華島是可以守得住的，于是決定把自己的意見告訴王在晉，跟他推心置腹地談了七天七夜，最終得不到他的響應。
回到朝廷，孫承宗說：“敵人尚未抵達鎮武而我軍自己焚燒了甯遠衛、中前所，這是前日經略、巡撫的罪責；我軍放棄了甯遠衛、中前所，敵人最終沒有到來，而我軍不敢出山海關一步，這是今日守城将官的罪責。
将官躲進關内，沒有能力回轉他們畏懼敵人的心理來畏懼國法，将他們謀取私利的智慧轉化為謀求殺敵的智謀，這是我和經略大臣的罪責，與其拿百萬兩銀子浪費到毫無用處的築城上，不如加固甯遠的要害地帶來防守敵人。
八裡鋪的四萬人擋住甯遠的沖要，與覺華島互為掎角之勢。
敵人窺探城門，命令覺華島上的士兵從三岔出擊。
摧毀浮橋，繞到敵後打擊敵人。
不但可以保證邊防安全，而且還可以收複二百裡失地。
總而言之，敵人的軍營一定不能讓他們靠近山海關，杏山的難民一定不能丢下不管，不全部破除庸人的議論，遼東戰局就不可能有作為。
”其他有關軍事建置的上疏又有十多道。
皇帝都高興地接受了。
不久，侍奉皇帝講席，孫承宗面告王在晉不能任用，于是把他改派為南京吏部尚書，并且斥責逃跑的臣子邢慎言等人，而八裡鋪修築新城的議論也就停息了。
王在晉離職後，孫承宗自告奮勇地請求去統帥部隊，皇上下诏通知各邊防，讓孫承宗以原官職統領山海關和薊、遼、天津、登、萊各地的軍事事務，相機行事，不受朝中節制。
而任用閻鳴泰為遼東巡撫。
孫承宗于是征召職方主事鹿繼善、王則古為軍中的贊畫官，從國庫請款八十萬兩出發。
皇帝特意為他送行，賜給他尚方寶劍和坐蟒，内閣大臣一直把他送到崇文門外。
到達山海關後，孫承宗命令總兵江應诏制定規章制度，佥事袁崇煥建造兵營房舍，舊将李秉誠操練火器，贊畫鹿繼善、王則古治理軍備，沈翭、杜應芳修理兵器，司務孫元化興築炮台，中書舍人宋獻、羽林經曆程倫主持購買馬匹，廣甯道佥事萬有孚主持采購木材。
而派遊擊祖大壽在覺華島輔助金冠，副将孫谏在前屯幫助趙率教，遊擊魯之甲拯救難民，副将李承先操練騎兵，參将楊應乾招募遼人當兵。
這個時候，山海關的士兵名義有七萬人，但是沒有紀律，冒領軍饷的很多。
孫承宗大規模清查，淘汰逃将幾百人，遣返河南、真定疲乏的士兵一萬多人，将魯之甲拯救的七千名難民派往前屯當兵。
楊應乾召募的遼兵派出去戍守甯遠，和朝鮮商議派兵聲援。
在東江犒勞毛文龍，命令他收複四衛。
發布檄文讓登州統帥沈有容前往占領廣鹿島。
想以春防的名義親自前往登、萊商量進軍收複失地，而朝中的意思是先用兵遼東，所以不允許。
江應诏被彈劾，孫承宗請求任用馬世龍代替他，以尤世祿、王世欽為南、北統帥，聽從馬世龍的指揮，還為馬世龍請求尚方寶劍，皇帝都同意了。
馬世龍接受任命後，孫承宗為他築台，恭敬地實行授權禮儀。
趙率教已在前屯駐守，将哈喇慎各部全部趕走，辦公的大本營還在八裡鋪。
王象乾建議設立水關，在關内鎮守，孫承宗不同意，于是将大本營定在高台堡。
這時，大清兵放棄廣甯離去，遼東的流民進城居住。
插漢的部隊把這消息報告了萬有孚，萬有孚計劃挾持西部人乘機殲滅他們，假充收複失地的功勞。
孫承宗發布檄文說：“西部殺死我軍的，按照盟約所說的讨伐他。
”這一仗，保全活口一千多人。
皇帝喜好考察邊防情況，這時命令東廠派人到宮門前，報告這事情的全部情況，稱為“澄清事實”。
等到魏忠賢專權，派他的黨羽劉朝、胡良輔、紀用等四十五人攜帶内庫的神炮、甲仗、弓箭之類武器數萬件到達山海關前，資助軍隊使用，又拿出白金十萬兩，蟒、麒麟、獅子、虎、豹等各種圖案的錢币賞賜給官兵，賜給孫承宗蟒服、白金慰勞他，實際上是來偵察軍隊的情況。
孫承宗正好出關巡視甯遠，半路上聽說了，立即上疏說：“宦官觀察部隊，自古以來都是被戒除的。
”皇帝下旨答複他。
使者到來後，聊具一杯清茶而已。
閻鳴泰出任巡撫，是孫承宗舉薦的，後來知道他沒有實際才幹，有關軍事事情經常不跟他商量。
閻鳴泰很不高興，請求辭職，孫承宗也稱病。
言官們都挽留孫承宗，诋毀閻鳴泰，巡關禦史潘雲翼再上疏彈劾他，皇帝于是罷免閻鳴泰，而用張鳳翼代替他。
張鳳翼膽小，又主張防守山海關。
孫承宗不高興，于是再次出關巡視。
抵達甯遠，召集将官讨論防守情況，很多人都贊同張鳳翼的意見，唯獨隻有馬世龍請求守衛中後所，而袁崇煥、鹿繼善及副将茅元儀極力請求防守甯遠，孫承宗認為應該如此，意見才确定下來。
命令祖大壽興修工事，袁崇煥、滿桂防守。
在這之前，虎部偷偷跑出來搶劫，趙率教逮捕殺死四人。
王象乾想殺趙率教報答虎部，孫承宗不同意。
而孫承宗派遣的王楹駐守中右，保護士兵外出采集木材，被西部朗素殺害了。
孫承宗憤怒了，派馬世龍去圍剿。
王象乾擔心破壞安撫的局面，命令朗素捆綁逃亡