的平民充當殺死王楹的人獻出來，又增加賞金一千兩。
孫承宗正準備上疏争論，而王象乾因為父母的喪禮離職了。
孫承宗擔心掌管錢款的人阻撓自己的權力，說督師、總督可以不兼設，請求罷免自己，如果不行，就不推舉總督。
并且請求把遼東巡撫移到甯遠駐紮。
皇帝命令停止總督推薦。
而張鳳翼認為是把自己放到死亡地帶，因而十分懷恨孫承宗。
跟他的同鄉潘雲翼、萬有孚等人極力诽謗馬世龍，來動搖孫承宗。
不久，萬有孚被薊州巡撫嶽和聲彈劾，更加懷疑是袁崇煥和馬世龍設下的陷阱。
于是一起造謠，阻撓出關的計劃。
給事中解學龍于是極力議論馬世龍的罪行。
孫承宗很氣憤，上疏陳述防守禦敵的對策，說：“在國門之内抵抗敵人，跟在國門之外抵抗敵人，情況是有區别的。
我軍将敵人趕到二百裡之外，跟敵人趕我軍到二百裡之内，情況又是有區别的。
廣甯，離我軍遠而距敵人近，甯遠，離我軍近而距敵人遠。
我軍不向前進逼敵人，敵人将會向前逼迫我軍。
現在既然不能收複遼東，而甯遠、覺華島終不能夠放棄。
請求皇帝下诏讓朝臣讨論以下問題：軍隊是否能夠長期駐守，糧饷是否能夠長期輸送，關外的土地人民是否可以抛棄，築城屯田戰争防守是否可以建立，再考察敵人的情況是否果真不出擊坐守等待就能夠消滅，我不敢做百年大計的長遠考慮，隻考慮到五年之内究竟會出現什麼情況。
倘若我的話不恰當，立即罷免卑職以确定國家大計，不要老是猶豫不決，讓那些貪生怕死、保全自己家人的臣子附合衆人之口，用殺死我一人來耽誤了國家大事。
”又為馬世龍辯解，揭發萬有孚等人相互勾結的情形。
萬有孚，是原侍郎萬世德的兒子，擔任廣甯理饷同知。
廣甯失陷後逃回家，王象乾命名為廣甯道佥事，專門安撫插漢，大量侵吞财物。
到這時因為孫承宗的言論被罷免。
張鳳翼也因為父母的喪事回家，喻安性代替他。
而朝臣認為總督不能裁并，命令吳用先總督薊、遼，代替王象乾。
孫承宗讨厭本兵趙彥多從朝中制約，稱病請求辭職，推舉趙彥代替他讓趙彥下不了台，朝廷認為不可以。
這時甯遠城工程竣工，關外一切防守工作都已齊備。
孫承宗圖謀大的軍事行動，上奏說：“先頭部隊已抵達連山、大淩河，盡快給我二十四萬兩軍饷，就可以立即取得軍事勝利。
”皇帝命令有關部門滿足他的要求。
兵部和工部相互商量說：“軍饷給足了，他就可以胡作非為，不如答應他但不給他，文件來回往來就把這事拖延遲緩了。
”孫承宗再次上疏催促，把實情報告給皇帝，皇帝為此整頓各部官員，而部隊最終還是沒有出發。
當初，方震孺、遊士任、李達、明時舉被貶谪，孫承宗确實彈劾過他們，後都為他們請求寬恕，又稱贊楊鎬、熊廷弼、王化貞的功勞，請求皇帝免除他們的死刑，把他們發配充邊，舉朝嘩然。
給事中顧其仁、許譽卿，禦史袁化中紛紛上疏辯論駁斥，皇帝都置之不理。
正好孫承宗叙論五防的功勞，各臣将要稱病乞求罷官，于是派遣宦官劉應坤等人攜帶十萬兩國庫銀犒賞官兵，而賜給孫承宗坐蟒、膝..，另佐以金币。
這個時候，魏忠賢更加擅權，因為孫承宗功勞高，想拉攏他，叫劉應坤等人表明自己的意圖。
孫承宗不跟他說一句話，魏忠賢因此極恨他。
正好魏忠賢驅逐楊漣、趙南星、高攀龍等人，孫承宗剛巡視薊鎮、昌平，想到上疏皇帝未必親自過目，過去在講席時，每次當面上奏都有效果，孫承宗于是請求以祝賀皇帝壽辰為由，進入朝廷當面向皇帝報告機務事宜，想利用這個機會陳述魏忠賢的罪行。
魏廣微聽到這消息，飛快報告魏忠賢：“孫承宗擁兵數萬人将要清除皇帝身邊的人。
兵部侍郎李邦華作為内應，您立刻就有粉身碎骨的危險了。
”魏忠賢非常害怕，圍繞着皇帝的床哭，皇帝被感動了，命令内閣草拟聖旨，次輔顧秉謙舉筆寫道：“沒有皇帝的聖旨離開駐防之地，不是祖宗的法令，違抗的人絕不寬恕。
”連夜打開禁宮大門召見兵部尚書，下三道命令派快騎兵制止他。
又假傳聖旨告示防守九門的宦官，孫承宗如果到齊化門，将他捆綁送入。
孫承宗到達通州，聽到命令就返回了。
魏忠賢派人偵察，發現車子中放着一床用包裹包着的被子，後面隻有鹿繼善一輛車子而已，這才稍微減少了懷疑。
而魏忠賢的黨徒李蕃、崔呈秀、徐大化接連上疏诋毀孫承宗，竟把他比作王敦、李懷光。
孫承宗于是閉門謝客，請求辭職。
天啟五年(1625)四月，給事中郭興治請求朝廷讨論孫承宗的去留，議論冒領軍饷的又接踵而至，于是交給朝臣讨論。
吏部尚書崔景榮堅持留用他，于是下诏挽留勉勵，而以精簡将官、淘汰士兵、清理糧饷三件事責令孫承宗的彙報，孫承宗正在派遣各将分别駐守錦州、大小淩河、松、杏、右屯各要害地區，開拓土地又有二百裡，罷免大将王世欽、尤世祿，副将李秉誠、孫谏，裁軍一萬七千多人，節省開支六十八萬兩。
而言官仍在不停地議論馬世龍。
到了九月，才有柳河戰役的失敗，死亡四百多人，詳情參見《馬世龍傳》。
于是台省彈劾馬世龍，并提到孫承宗。
送上的有數十道奏疏。
孫承宗請求辭職更加堅決，十月才得到批準。
先前已多次加封為左柱國、少師、太子太師、中