極殿大學士，于是又特别加封光祿大夫，蔭庇他的兒子為中書舍人，賜給他蟒服、銀币，在行人的保護下回家。
而用兵部尚書高第代替他做經略。
不久，喻安性也被罷免，于是廢除巡撫不再設立。
當初，高第極力壓制孫承宗，請求撤除關外兵來防守關内。
孫承宗反駁他，高第很不滿意。
第二年，甯遠被包圍，于是上疏說山海關關門隻有五萬士兵，談論這事的人更加以為是孫承宗的罪過。
孫承宗向戶部報告說：“高第剛到山海關時，曾發給十一萬七千人的糧饷，現在隻發給五萬人糧饷就足夠了。
”高第果真因為說話荒謬而被定罪。
後來魏忠賢派他的黨羽梁夢環巡視山海關，想羅織孫承宗的罪名，沒有得到什麼就停止了。
孫承宗在山海關四年，前後修複九座大城、四十五個城堡、練兵十一萬，建立戰車營十一個、水兵營五個、大炮營二個、前鋒後勁營八個，制造甲胄、器械、弓箭、炮石、渠答、鹵盾等器械一共有數百萬之多，開拓土地四百裡，開辟屯田五千頃，每年收入十五萬兩銀子。
後追叙甯遠戰役的功績，蔭封兒子錦衣世襲千戶。
莊烈帝即位，王在晉進入朝廷擔任兵部尚書，對孫承宗痛恨不已，堅持說馬世龍和茅元儀迷惑中樞機構，敗壞了邊關事，又唆使谏官等交口诋毀孫承宗，來阻止他出來做官。
崇祯二年(1629)十月，大清兵進入大安口，攻取遵化，将迫近北京城。
朝臣争相請求召回孫承宗。
下诏以原官職兼兵部尚書防守通州，仍舊進入朝廷朝見皇帝。
孫承宗到任，皇帝在平台召見他。
慰勞完畢後，皇帝問他方法謀略。
孫承宗報告說：“臣聽說袁崇煥駐守薊州，滿桂駐守順義，侯世祿駐守三河，這是很正确的。
又聽說尤世威回到昌平，尤世祿駐守通州，似乎不大好。
”皇帝問道：“愛卿想防守三河，是什麼意圖？”孫承宗回答說：“守住三河可以阻止敵人向西逃跑，遏止敵人南下。
”皇帝認為很好，說：“你打算怎樣為朕保衛京師？”孫承宗說：“當此危難之際，守城的人苦于饑餓和寒冷，不是萬全之策，請求皇上整頓守城器械，加倍犒勞士兵，以安定人心。
”他所出的計謀都很合皇帝的心意。
皇帝說：“愛卿不必前往通州，就為朕總督京城内外的軍事事務，仍舊參與軍事策劃。
”催促首輔韓火廣草拟诏書下發給有關部門鑄造邊防器具。
孫承宗出來時，記時的漏刻已經二十下了，立即檢閱環衛都城部隊，五更時才結束，又出都城檢閱外城。
第二天半夜，忽然傳旨孫承宗防守通州。
這時戰争的烽火已傳遍京師近郊，孫承宗率二十七名騎兵從東便門出發，中途逃亡了三人，快馬加鞭直抵通州，守城門的人幾乎不讓他們進城。
進城之後，跟保定巡撫解經傳、禦史方大任、總兵楊國棟一起登上城牆加強防守。
而大清兵已迫近都城，于是急忙派遣遊擊尤岱率步騎三千人前往增援。
片刻之後又派副将劉國柱統帥二千士兵與尤岱彙合，而派遣密雲兵三千人駐守東直門，保定兵五千人駐守廣甯門。
這期間派遣将領收複馬蘭、三屯二座城邑。
到十二月四日，就發生了祖大壽的兵變，祖大壽是遼東的前鋒總兵官，跟袁崇煥一起進入衛所。
看到袁崇煥下獄，害怕受到懲罰，于是跟副将何可綱等人率領所屬的一萬五千人向東逃散，遠近的人都受到很大的震動。
孫承宗聽說，急忙派遣都司賈登科攜帶秘書的親筆信去勸慰祖大壽，而命令遊擊石柱國飛馬前往安撫各軍。
祖大壽看見賈登科，說：“我部士兵趕往前線支援，接連打勝仗，希望得到豐厚的獎賞。
城上的人都罵我們是強盜，投擲石塊打死了幾個人。
派遣出去巡邏的士兵，被指責是間諜而把他們殺死了。
立下了功勞卻被當作罪過，所以要逃跑回來。
我部應當直搗朵顔，然後回來負荊請罪，等候處罰。
”石柱國追上各路部隊，将士們手持弓箭、大刀對着他，都流着眼淚說：“督師已被殺死，又将用大炮轟擊我軍，所以到了這裡。
”石柱國還往前追，祖大壽已經很遠，于是返回。
孫承宗報告說：“祖大壽的處境已經非常危險，他又不肯接受滿桂的指揮，于是造謠激發衆人東逃，并不是他的部下都想叛亂。
應當免除殺戮，想方設法安撫人心。
遼東将領很多是馬世龍的老部下，臣小心地見機行事，派遣馬世龍快馬前往通告，他的将士一定自動歸順，祖大壽不值得擔心。
”皇帝高興地聽從了。
孫承宗寫密信告訴祖大壽應立即上奏章陳述錯誤，并且率領部隊立功贖罪，而自己理當代他向皇帝表白。
祖大壽同意了，一條一條地陳述東逃的原因，全都如同将士們所說的，皇帝很寬厚地答複了他。
命令孫承宗遷到關門駐守。
各将聽到孫承宗、馬世龍來了，很多人都自動前來歸附，祖大壽的妻子左氏也用大道理譴責她的丈夫。
祖大壽集合士兵等候命令。
當逃散的士兵出關時，關城遭到搶劫掠奪，關門罷市，人心惶惶。
孫承宗到達後，人心才安定下來。
關城原有十六裡，衛城隻有二裡。
現在敵人在關城内，關城不能夠防守，衛城與關城相連，可以步行上去。
于是另外修築城牆，擋在關城之間，在城牆上開挖洞口使大炮能夠平伸出去。
城内的水不充足，一天一夜挖了一百口井。
原來淘汰的小官小吏、流亡寄居本地的共有千餘人，無所事事就想惹是生非，都由官府供給糧食，讓他們巡察街道，看