守炮台，保護倉庫，都有事情可做。
裡面的不能出去，外來人往往被巡邏的騎兵抓獲，因此關門能夠得以保全。
于是派遣馬世龍率步騎兵一萬五千入關增援，命令遊擊祖可法等率騎兵四營往西駐守撫甯。
崇祯三年(1630)正月，祖大壽入關拜見孫承宗，孫承宗親率五百人穿着铠甲在大門迎接。
孫承宗以誠相待，當天在教場上排列步騎兵三萬人，舉行誓師的禮儀，大家的疑慮一下子都消解了。
這時我大清兵已攻占了遵化，并派兵駐守它。
這月四日攻占永平，八日攻占遷安，于是攻取灤州。
分兵攻擊撫甯，祖可法等人堅守，沒有攻下。
大清兵于是向山海關進軍，離關三十裡安營紮寨。
副将官惟賢等人極力請求作戰。
于是回過頭攻擊撫甯和昌黎，都沒有攻下。
正在這時，通往京師的道路受阻，孫承宗、祖大壽的軍隊在東邊，馬世龍及四方援軍在西邊。
孫承宗召募不怕死的人沿海抵達京師，才知道山海關城還在手中。
山海關西南有三縣，即撫甯、昌黎、樂亭；西北有三城：即石門、台頭、燕河。
這六座城池東邊保護關門，西邊環繞永平，都是近山海關的軍事要地。
孫承宗告誡各城嚴加防守，又派遣将領駐守開平，收複建昌，聲援部隊始相連接。
京師正在戒嚴，全國各地保衛京師的部隊先後到來的有二十萬。
都駐紮在薊門及京師周圍，沒有人首先前進。
下诏降旨多次督察催促，各将也時有攻擊，但沒有人能打敗敵人收複失地。
馬世龍請求先收複遵化，孫承宗說：“不行，遵化在北面，容易攻取而難于防守，不如暫且讓敵人占領，分散敵人的兵力，我軍應先進攻灤州。
現在應當多造出聲勢，暗示将要攻擊遵化的形勢來牽制敵人，各軍開赴豐潤、開平，聯絡山海關的部隊攻擊灤州。
占領了灤州就用開平部隊防守，而用騎兵決戰以攻占永平。
占領了灤州、永平之後，山海關與永平就連成一體，再攻取遵化就容易多了。
”方案确定後，于是命令東西各兵營一同前進，孫承宗親自到撫甯督戰。
五月十日，祖大壽及張春、丘禾嘉各軍先抵灤州城下，馬世龍及龍世祿、吳自勉、楊麒、王承恩随後到達，過了二天攻克了灤州。
而副将王維城等人也進入遷安。
我大清防守永平的部隊，全部撤出回到北邊，孫承宗于是進入永平。
十六日，各将謝尚政等人也進入遵化。
四座城市都收複了。
皇帝為此在郊廟裡告謝，并大加賞賜，加封孫承宗為太傅，賜給蟒服、白金，世代繼承錦衣衛指揮佥事。
孫承宗極力推辭不接受太傅的封号，并多次上疏稱病乞求退休，皇上下诏安慰他。
不同意他的請求。
朵顔束不的反叛，孫承宗命令大将王威打敗了他，又賞賜給他銀币。
早先因為冊立東宮太子，加封為太保。
等到《神宗實錄》完成，也加官如上述。
孫承宗推辭不受，并不停地乞求退休。
皇帝命令閣臣讨論他的去留，沒有結論。
特地派遣中書攜帶親筆诏去慰問，于是到任管事。
崇祯四年(1631)正月出關東巡，抵達松山、錦州，回到山海關，又西巡，全部檢閱了三協十二路然後返回。
逐條上書陳述東西邊防事務八件事，皇帝都采納了。
五月因為考核期滿，下诏加封太傅兼領尚書的俸祿，蔭封尚寶司丞，賜給蟒服、銀币、羊酒，孫承宗再次推辭不接受太傅。
當初，右屯、大淩河二城池，孫承宗已派兵駐守，後來高第來代替他，都撤走了部隊，二城池于是被平毀。
到這時，丘禾嘉巡撫遼東，建議收複廣甯、義州、右屯三城。
孫承宗說廣甯路途遙遠，應當先占據右屯，在大淩河築城，逐漸向前推進。
兵部尚書梁廷棟支持他，于是在七月動工。
工程剛完成，我大清兵大部隊到來，将城重重包圍。
孫承宗聽到後，快馬趕到錦州，派遣吳襄、宋偉前往救援。
丘禾嘉多次改動出兵的日期，宋偉跟吳襄的關系又不和睦，于是在長山被打得大敗。
到了十月，城中糧食吃完了而援軍又毫無希望，守将祖大壽力量用盡出城投降，城池又一次被平毀。
廷臣追究修築城池不是好計謀，紛紛上疏議論丘禾嘉和孫承宗。
孫承宗又接連上疏稱病。
十一月皇帝批準他的請求，賜給他銀币乘驿車回家，議論他的人追論他喪師辱國，剝奪他的官職在家閑居，并且剝奪他在甯遠時世代的蔭封。
孫承宗又上書陳述邊防計策的十六件事，而極力說丘禾嘉軍事謀略自相矛盾的過失。
皇帝知道而已。
在家居住七年，朝廷内外多次請求征召任用他，沒有批複。
崇祯十一年(1638)，我大清兵深入内地。
在十一月九日進攻高陽，孫承宗率領家族人抵抗。
大清兵将要離開，圍繞着城牆大聲叫喊了三次，守城的人也回答了三次。
說：“這是守城的人在嘲笑，按照法令應當攻破它。
”又一次包圍了高陽城。
第二天攻陷，孫承宗被捉。
望着朝廷叩頭後，上吊自殺，終年七十六歲。
他的兒子舉人孫翶，尚寶丞孫鑰，官生孫铈，生員孫钅含、孫鎬，侄子谏，以及孫子孫之沆、孫之滂、孫之氵景、孫之潔、孫之氵憲，侄孫孫之澈、孫之氵美、孫之泳、孫之澤、孫之渙、孫之瀚，全都戰死了。
督師宦官高起潛報告了這事。
皇帝歎息再三并追悼他，命令有關部門從優照顧。
掌權的楊嗣昌、薛國觀等人暗中壓制，隻是恢複了他的原官職，給予祭奠下葬而已，福王時，才追贈為太師，谥号文忠。