熊文燦上任隻有三個月，洪承疇有七年還不見成效。
議論的人對熊文燦的過失急于糾正，可是對于洪承疇放縱敵人卻沒有人說話。
”皇帝知道楊嗣昌有意袒護他，發脾氣說：“總督、總理二臣隻能責備他們及時平定盜賊，怎麼能拿時間的長短作為借口！”楊嗣昌于是不敢說話。
熊文燦既然主張招撫，追加的糧饷由皇帝派一名侍郎監督，本來是用來剿撫農民軍的，熊文燦全部将它用于招撫，皇帝既然不再斥責他，廷臣也就沒有人提這件事。
到第二年二月，楊嗣昌因為消滅農民軍的期限已過，上疏承擔過錯，推薦别人代替自己。
皇帝不答應，命令檢查行動，以查明功罪。
于是上疏說：“洪承疇專門對付陝西盜賊。
盜賊在陝西、四川之間往來自如，剿滅、招撫都沒有功勞，不能免除他的罪責。
熊文燦同時對付江北、河南、湖廣的強盜，招撫劉國能、張獻忠，在舞陽、光山打仗，剿滅、招撫都有功績，應該免于處分。
各巡撫之中，河南常道立、湖廣餘應桂有功績，陝西孫傳庭、山西宋賢、山東顔繼祖、保定張其平、江南張國維、江西解學龍、浙江喻思恂有功勞，鄖陽戴東..無功也無過，鳳陽朱大典、安慶史可法應該鞭策鼓勵他們立功。
總兵裡面，河南左良玉有功，陝西曹變蛟、左光先沒有功，山西虎大威、山東倪寵、江北牟文绶、保定錢中選有勞無功，河南張任學、甯夏祖大弼沒有功也沒有過。
洪承疇應該逮捕，因為軍民愛戴他，請求削去他宮保、尚書的官職，以侍郎的身份執行任務。
曹變蛟、左光先降五級官，跟祖大弼一起以五個月為期，限定他們平定盜賊，超過期限連同洪承疇一起逮捕法辦。
朱大典降三級官，史可法戴罪立功。
”建議提交上去後，皇帝全都同意了。
楊嗣昌既然自始至終袒護熊文燦。
而熊文燦實際上并不懂軍事。
招降劉國能、張獻忠之後，認為招撫一定可行。
楊嗣昌也私下裡堅持這樣做，凡是有所請求沒有不曲意順從的，從此以後不再說“十面張網”的計策了。
這個月，皇帝聽完講經後，楊嗣昌的奏對有“善戰服上刑”的話。
皇帝很不高興，責問他說：“當今天下統一，不是戰國時各國交戰的局勢所能相比，對于這些跳梁小醜，不能運用大司馬制裁諸侯違犯王命行為的九種辦法，你怎麼說出這樣的話來？”楊嗣昌很慚愧。
正在這個時候，農民軍的勢力已經日益昌盛，朝廷又有東顧之憂，楊嗣昌又暗中主張互相交易的計策。
恰好月亮遮住了火星，皇帝減少飲食修身反省，楊嗣昌就一一援引漢代永平年間、唐代元和年間、宋代太平興國年間的事例，作為互相交易的例證。
給事中何楷上疏反駁他，給事中錢增、禦史林蘭友相繼列舉事例辯論，皇帝不過問。
六月改任禮部尚書兼東閣大學士，參予機要事務，仍然掌管兵部的事情。
楊嗣昌已在沒服完喪期情況下進入政府，又将正在服喪的陳新甲起用為總督。
于是何楷、林蘭友及少詹事黃道周上疏诋毀駁斥他，修撰劉同升、編修趙士春跟着上疏。
皇帝發怒，将他們降職三級，留任翰林。
刑部主事張若麒上疏羞辱诋毀黃道周，于是降黃道周六級官，連同劉同升、趙士春一起都流發到外地。
不久南京禦史成勇、兵部尚書範景文等人說他的壞話，也都被譴責。
楊嗣昌從此更加有恃無恐，不再理會别人對他的指責。
我大清兵進入牆子嶺、青口山，薊、遼、保定總督吳阿衡正好喝醉了，不能指揮作戰，失敗陣亡。
北京城戒嚴，召盧象升率領部隊回來保衛京城。
盧象升主張作戰，楊嗣昌和監督宦官高起潛主張和議，意見不合，關系十分緊張。
編修楊廷麟彈劾楊嗣昌誤國。
楊嗣昌很惱怒，改派楊廷麟為職方主事以監督盧象升的軍隊，而告誡各将領不要輕易出戰。
各将本來就膽怯，都以此為借口擁兵觀望，駐守的列城都被攻破。
楊嗣昌根據軍中的報告，請求傳旨授給方法謀略。
等到聖旨傳到軍中，形勢已發生了變化，仍按計劃行事，一切都與實際不符，邊疆的形勢更加危急了。
盧象升陣亡後，楊嗣昌也被降了三級官，讓他戴罪主持戰事。
崇祯十二年(1639)正月，濟南失陷，德王被活捉，騎兵先頭部隊直抵兖州。
二月，大清兵勝利返回北方，給事中李希沆說：“皇上登位以來，北方軍隊三次進逼京城。
己巳的罪過沒有得到糾正，所以有丙子的罪過。
丙子的罪過沒有糾正，以緻有今日。
”言語涉及到楊嗣昌。
禦史王志舉也揭發楊嗣昌誤國的四大罪狀，請求按照丁汝夔、袁崇煥的先例辦理。
皇帝發怒，李希沆貶職，王志舉被剝奪官職。
當初，皇帝認為楊嗣昌有才就任用他，不是廷臣的意思。
知道廷臣必然有話說，議論他的人都被排斥。
楊嗣昌既然有罪，而皇帝又多次驅逐言官，朝廷内外更加憤憤不平。
楊嗣昌自己也感到不安，多次上疏承擔罪責，于是撤銷職務冠帶，處理事情。
沒有多久，因為追叙功績又官複原職。
在這之前，北京城被圍困，樞臣都因此受連累。
崇祯二年(1629)，王洽下獄死，又追論判他大辟的刑罰。
九年，