張鳳翼出外督師，服毒自殺，還剝奪了他的官籍。
到現在，被敵人占領了七十多座城市。
而皇帝仍然寵愛楊嗣昌不衰減。
楊嗣昌于是推薦四川巡撫傅宗龍代替自己。
皇帝命令楊嗣昌評議文武各臣失責的罪行，分為五等，一為守邊喪失時機，二為殘破城邑，三為失陷土地，四為主帥臨陣逃亡，五為縱敵出塞。
于是宦官則有薊鎮總監鄧希诏、分監孫茂霖，巡撫則有順天陳祖苞、保定張其平、山東顔繼祖，總兵則有薊鎮吳國俊、陳國威，山東倪寵，援剿祖寬、李重鎮以及其他副将以下，到各州縣的有關官員，一共三十六人，同一天被殺棄市。
而楊嗣昌毫發無損，議論更加嘩然。
正當京城戒嚴的時候，很多廷臣都請求操練邊境兵。
楊嗣昌于是确定方案，宣府、大同、山西三鎮兵共有十七萬八千八百多人，三個總兵各練一萬兵，總督練三萬兵。
用二萬兵駐守懷來，一萬兵駐守陽和，東西策應，其餘的交給鎮監、巡撫以下分别操練。
延綏、甯夏、甘肅、固原、臨洮五鎮兵共有十五萬五千七百多人。
五總兵各練一萬兵，總督練三萬兵。
用二萬兵駐守固原，一萬兵駐守延安，東西策應。
其餘的交給巡撫、副将以下分别操練。
遼東、薊鎮兵共有二十四萬多人，五個總兵各練一萬兵，總督練五萬兵。
外面起自錦州，裡面抵達居庸關，東西策應。
其餘的交給鎮監、巡撫以下分别操練。
廢除通州、昌平督治二個郡，增設保定總督，合并畿輔、山東、河北的兵力，共得十五萬七千多人，四總兵各練二萬，總督練三萬。
北邊起自昌平，南邊抵達河北，聽到警報策應。
其餘的交給巡撫以下分别操練，又因為畿輔地位重要，建議增加四名監司。
于是大名、廣平、順德共增設一人，真定、保定、河間各增加一人。
薊、遼東總督以下增設監軍三人。
方案報上後，皇帝一切照準。
楊嗣昌确立的方案共有七十三萬多。
然而人員流失，軍饷不足，從來沒有達到過此數。
皇帝又采納副将楊德政的建議，府廢除通判，增設練備，官級低于守備，州廢除判官，縣廢除主簿，增設練總，官級低于把總，一起受正官管轄，專門操練民兵。
府一千人，州七百人，縣五百人，捍衛本鄉本土，不調往别處。
楊嗣昌以為各地輕重緩急不同，請求先在畿輔、山東、河南、山西實行，皇帝同意了。
于是有了練饷的議論。
當初，楊嗣昌增派剿饷，以一年為限。
後來糧饷用盡而強盜未平，下诏征收原額的一半。
到這時，督饷侍郎張伯鲸請求全部征收。
皇帝擔心失信于民，楊嗣昌說：“不要緊的，加派的賦稅來自土地，土地都被富家大戶占領了，百畝土地增收三四錢銀子，還可以稍微壓抑土地兼并。
”大學士薛國觀、程國祥都贊同他。
于是在剿饷之外又增加練饷七百三十萬兩。
有人說：“九邊原本有一定數額的軍饷，全部發給新增的軍饷，那麼原來的官饷到哪裡去了？邊境部隊多有虛額，現在都看作是足數，軍饷全都浪費了，而練兵的數量仍然不足。
況且部隊因為分地設防不能經常聚集在一起，所以有抽練的議論，抽練了而其他事情又不管了。
況且抽練又是虛文，邊防每況愈下了。
至于州縣民兵更加名不符實，白白地浪費國家錢财。
”因為是楊嗣昌主持的，事體太大沒有誰敢發難。
神宗末年增加賦稅五百二十萬，崇祯初年再增加一百四十萬，一起稱作“遼饷”。
到這時，又增派剿饷、練饷，規定的數目更加濫了，前後增加賦稅一千六百七十萬兩，民不聊生，更多的人揭竿而起成為盜賊了。
五月，熊文燦招撫的強盜張獻忠在谷城反叛，羅汝才等九營都反了。
八月，傅宗龍抵北京，楊嗣昌被解除部裡的職務，回到内閣，不久，羅犭英山失敗的消息傳來。
皇帝極為震驚，下诏逮捕熊文燦。
特别降旨命令楊嗣昌統帥部隊，賜予尚方寶劍，相機實行賞與罰。
九月初一，皇上在平台召見他，楊嗣昌說：“皇上的話不留在家過夜，臣早晨接受命令，傍晚就出發，軍用物資器械希望皇上下令有關部門迅速發下來。
”皇帝很高興，說：“愛卿能夠如此，朕還有什麼可擔心的呢。
”第二天，賞賜白金百兩，大紅..絲四套，鬥牛衣一件，銀子四萬兩，銀牌一千五百個，帛币一千。
楊嗣昌列舉七件事報告給皇帝，都同意了。
四日召見他為他設宴餞行，皇帝親手進了三爵酒，禦制贈行詩一章。
楊嗣昌跪着朗誦，一邊拜一邊哭。
過了二天，向皇帝辭行，賜給他用膳。
二十九日抵達襄陽，進入熊文燦軍中，熊文燦被捕，楊嗣昌還在為他上疏辯解。
十月初一日，楊嗣昌大誓三軍，督理宦官劉元斌，湖廣巡撫方孔火召，總兵官左良玉、陳洪範等人都到會。
農民軍賀一龍等人奪取葉縣，包圍沈丘，放火燒了項城的外城，侵略光山。
副将張瓊、刁明忠率領北京部隊翻山越嶺行軍九十裡，到達敵人老巢。
先驅趕射擊敵人，射死二個穿紅袍騎馬奔跑的人，追擊逃敵四十裡，斬首一千七百五十。
楊嗣昌舉诏書頒發賞賜。
十一月，興世王王國甯率千人來歸附，在襄陽接受他，把他的妻子、兒女安排在樊城。
表彰左良