玉讨平賊将軍。
各将日益放縱而輕敵，喪失鬥志。
張獻忠、羅汝才、惠登相等八營順着鄖陽、興安的山間小道，攻打南漳、谷城、房縣、竹山、竹溪。
楊嗣昌鞭打刁明忠，殺死監軍佥事殷大白來示衆。
發布檄文給巡撫方孔火召，奏請懲辦永州推官萬元吉為軍前監督法紀，皇帝同意了。
正在這時，李自成潛伏陝西，賀一龍、左金王等四營活躍在漢水以東地區。
楊嗣昌專門圍剿張獻忠。
張獻忠在興安多次被打敗，要求投降，不同意。
他的同黨托天王常國安、金翅鵬劉希原來投降，張獻忠逃往四川，左良玉追擊他，楊嗣昌寫信命令他回師，左良玉不聽，崇祯十三年(1640)二月七日與陝西副将賀人龍、李國奇在瑪瑙山夾擊張獻忠，大敗張獻忠，斬首三千六百二十。
掉下懸岩山谷死亡的不計其數。
他的同黨掃地王曹威等人被殺，十反王楊友賢率衆人投降。
這個月，皇帝惦念楊嗣昌，發放銀子萬兩犒勞軍隊，賜給他鬥牛衣、良馬、金鞍各二。
使者剛出都城門，而瑪瑙山的捷報傳到。
皇帝十分高興，再次撥給銀子五萬兩，帛币一千犒勞部隊。
論功行賞，加封太子少保。
而湖廣将領張應元、汪之鳳在水右壩打敗敵人，抓獲了敵軍師。
四川将領張令、方國安在千江河獲勝。
李國奇、賀人龍等人在寒溪寺、鹽井獲勝。
四川、陝西、湖廣各将領全部集中，又接連在黃墩、木瓜溪打了勝仗，軍隊聲威大振。
羅汝才、惠登相請求招撫，張獻忠控制了他們，在南漳、遠安間收攏部隊，殺死安撫官姚宗中，跑到大甯、大昌，進犯巫山，成為四川一帶的災禍。
張獻忠順着興安、平利山間行進，左良玉圍而不攻，敵人得以收拾失散逃亡的人，由興安、房縣直奔白羊山向西逃跑，跟羅汝才等人彙合。
楊嗣昌認為群賊彙合在一起，他們的勢力一定又會強大起來，于是由襄陽趕往夷陵，控制要害地形。
皇帝惦念楊嗣昌行軍勞苦，下令賜給他賞功銀一萬兩、鞍馬二匹。
罷免鄖陽撫治王鳌永，下诏讓被廢除的将領猛如虎在軍前立功。
黃得功、宋紀在商城大敗農民軍，賀一龍五大部投降之後又反叛了。
鄭嘉棟、賀人龍在開縣大敗羅汝才、惠登相。
羅汝才随同小秦王一起向東逃跑，惠登相經過開縣向西退卻，從此二部農民軍才分開。
這個時候，各部兵馬居山谷，遭遇酷暑瘴毒，死去的十分之二、三。
北京部隊在荊門、雲南部隊在簡坪、湖廣部隊在馬蝗坡，長期駐守都想回家，晚上逃跑的很多。
關河大旱，人吃人，土寇蜂起，其中以陝西窦開運、河南李際遇最著名。
饑餓的百姓都投奔他們，所到之處都報警告急，楊嗣昌向上面報告，皇帝發給國庫銀五萬兩，謀求醫藥，要求各将領進兵。
而陝西的長武，四川的新甯、大竹，湖廣的羅田又相繼報告失陷。
楊嗣昌于是下達招撫的命令，寫了上萬張告示，在農民軍中散發。
七月，監軍孔貞會在豐邑坪大敗羅汝才。
他的同黨混世王、小秦王率領部下投降，農民軍首領整十萬和惠登相、王光恩也相繼投降。
于是農民軍集中到了四川。
楊嗣昌于是進入四川，在八月份乘舟溯江而上，認為四川為四塞之地，各路大軍合圍困住他，可以全部殲滅。
而賀人龍率陝西部隊從開縣叫嚷吵鬧着向西回去了。
張應元等人在夔門土地嶺被打敗，張獻忠勢力又強盛起來，羅汝才跟他彙合。
聽說官軍向西開拔，于是急忙向大昌進發，侵犯觀音岩，守将邵仲光抵擋不住，于是突擊淨壁，攻陷大昌。
楊嗣昌将邵仲光斬首，彈劾逮捕四川巡撫邵捷春。
農民軍于是渡河到通江，楊嗣昌到萬縣，農民軍攻巴州不下。
楊嗣昌到梁山，傳令各将分兵出擊。
農民軍已攻陷劍州，直奔保甯，準備由小路進入漢中。
趙光遠、賀人龍抵抗，農民軍于是轉而搶劫，攻陷梓潼、昭化，到達綿州，準備奔向成都。
十一月，楊嗣昌到達重慶，農民軍進攻羅江，沒有攻下，跑到綿竹。
楊嗣昌到達順慶，各将不會師。
農民軍轉攻到漢州，離中江一百裡，守将方國安避敵離開，農民軍于是肆意搶掠于什邡、綿竹、安縣、德陽、金堂之間。
所到之處将城市搶劫一空然後離去，整個四川都受到極大震動。
農民軍于是由水路下簡州、資陽。
楊嗣昌召集各将合擊，都退縮不前。
多次征召左良玉的部隊，又不到來。
農民軍于是攻陷榮昌、永川。
十二月，攻陷泸州。
自從農民軍第二次進入四川，各将沒有一個主動出擊的。
楊嗣昌雖然多次傳布檄文，命令得不到執行。
當他在重慶時，下令赦免羅汝才的罪行，如果投降就授給他官職，隻有張獻忠不赦免，将他活捉斬首的賞賜銀子一萬兩，封侯爵。
第二天，從辦事的大廳到廚房角落到處都寫着：“有誰斬督師進獻的，賞給他白金三錢。
”楊嗣昌感到很驚訝，懷疑左右的人都是盜賊，勒令三天内進兵。
正好碰到下雪阻斷道路交通，又改變了日期。
三次傳令賀人龍，賀人龍都不接受命令。
當初，楊嗣昌表彰左良玉為平賊将軍，左良玉逐漸驕傲起來，楊嗣昌想擡高賀人龍來對抗左良玉。
因為瑪瑙山的戰功沒有得到好的報答，賀人龍心懷怨恨，反而把