楊嗣昌的想法告訴了左良玉，左良玉心裡也不高興。
詳情參見《左良玉傳》、《賀人龍傳》。
楊嗣昌雖然有才能，但喜歡剛愎自用。
對于文書信劄都親自過問，過于繁雜瑣碎。
軍隊行動一定要自己決定前進或停留，千裡等待報告，往往坐失良機。
王鳌永曾規勸過他，他不采納。
王鳌永罷官後向朝廷上書說：“楊嗣昌指揮作戰已有一年，還沒傳來蕩平盜賊的捷報，這并不是沒有謀略計劃，而正是由于操心太苦的緣故。
天下大事，總領大綱就容易，一個人想面面俱到就困難。
況且敵人的情況瞬息萬變，現在數千裡之間征伐的機宜，全出自楊嗣昌一人之手，文書往返，動不動就超過十天半月，坐失殲敵的時機，難怪過了年還找不到獲勝的戰鬥。
在這期間能夠出奇制勝的，隻有瑪瑙山一仗。
假如一定要遵守督輔的号令，左良玉應當退守興安，就沒有這次勝利了。
微臣以為陛下任命楊嗣昌，不一定讓他跟各将一樣，同等對待，隻看他提拔衡量各将有沒有功罪。
楊嗣昌駕馭各将，不一定要向每個人都傳授機宜，隻檢查他們的計劃方案是不是适當。
那麼楊嗣昌就不至于操勞過度，自然能夠出奇制勝了，何至于拖延時間，拖垮了軍隊又浪費糧饷啊！”
在這之前，楊嗣昌因為各将行動不能統一，采納幕下評事元吉的建議，任用猛如虎為總統，張應元為副總統。
等敵人進入泸州，猛如虎和賀人龍、趙光遠的部隊到達，敵人又渡過南溪，經過成都，直奔漢州、德陽、綿州、劍州、昭化到達廣元，又奔向巴州、達州。
各軍都很疲憊，隻有猛如虎的部隊還悄悄地跟在後面。
崇祯十四年(1641)正月，楊嗣昌得知敵人一定會離開四川，于是率舟師到雲陽，傳令各軍從陸路追擊敵人。
賀人龍部鼓噪着向西邊前進後，在廣元屯兵不前，楊嗣昌能夠依靠的隻有猛如虎。
等到在開縣、黃陵城同敵人交戰，被打得大敗，官兵死亡超過半數。
猛如虎突圍出來免于一死，馬匹、物資、關防全部被叛賊占有。
當初，農民軍逃竄南溪，元吉想從小路出梓潼，控制回來的道路等待敵人。
楊嗣昌傳令各軍跟在敵軍後面猛追，不能離敵人太遠，讓敵人從别處逃走了。
各将于是全部從泸州出發追趕敵人。
敵人回過頭來向東逃跑，回來的路上全沒有設防，不能夠阻止住敵人，楊嗣昌這才後悔沒有采納元吉的建議，農民軍于是沿江下夔門，抵達興山，進攻當陽，侵犯荊門。
楊嗣昌到夷陵，傳令左良玉出兵，使者往返有十九次之多。
左良玉撤走興山、房縣部隊直奔漢中，好像有意避開敵軍的樣子。
農民軍所到之處，燒旅館，殺死駐守堤防的士兵，東西間的信息中斷。
鄖陽撫治袁繼鹹聽到農民軍到了當陽，趕忙想方設法派出軍隊。
張獻忠命令羅汝才跟他糾纏，自己卻率領輕騎兵一日一夜急行軍三百裡，在中途殺死督師的使者，拿走了軍符。
在二月十一日抵達襄陽近郊，派二十八名騎兵拿着軍符先奔跑高喊着督師要調集部隊，守城的士兵取過軍符與另一半相合就相信了他們，讓他們進入城内。
到了半夜，在城中起事，襄陽城因此陷落了。
張獻忠把襄王捆了丢在堂下，給他酒，說：“我想割楊嗣昌的人頭，楊嗣昌在遠處。
現在借你襄王的頭，使楊嗣昌因為失陷封王的土地而伏法，襄王努力喝完這杯酒。
”于是殺害了他。
不久，渡過漢水，直奔河南，跟賀一龍、左金王各支農民軍彙合。
楊嗣昌當初以為襄陽是軍事重鎮，環城挖了三條很深的護城河，造天橋，在城門前設置栅欄，布置精銳士兵設防，進出都要傳呼口令，不是軍符相合的不能夠過橋進城。
江、漢之間大小城市數十個，依靠襄陽為天險，敵人竟然出其不意地攻占了它。
楊嗣昌在夷陵，驚恐害怕，上疏請求賜死，走到荊州的沙市，聽說洛陽已在正月失陷，福王遇害，更加擔心害怕，于是不進食。
死于三月初一日，終年五十四歲。
廷臣聽到襄陽的變化，紛紛上疏列舉楊嗣昌的罪行，而楊嗣昌已經死了，袁繼鹹和河南巡撫高名衡自殺了，他的兒子病死了，消息傳來，不知道是真是假。
皇帝很悲傷，命令丁睿代替他做督師。
傳谕告廷臣：“輔臣二年辛勞，現在已死，然而功勞不能掩蓋罪過，讨論他的罪過上報。
”定國公徐允祯等人請求以失陷城寨的罪名将他斬首。
皇上傳命令說：“原輔臣楊嗣昌奉命督剿，不負責專門防守一座城市，發布檄文，再三告誡要防止敵人詐城夜襲，地方上置若罔聞。
等到違抗命令失陷城市，卻專門怪罪督輔一人，這是不公平的。
況且深入前線二年，多次獲得勝利，鞠躬盡瘁，死而後已，他一生的勤勞是難以泯滅的。
”于是恢複了楊嗣昌的名譽，賜祭，将他的屍體運回武陵埋葬。
楊嗣昌先後因為剿賊有功，封太子少傅。
死後，讨論平定臨、藍盜匪的功勞，加封太子太傅。
廷臣還在不停地追究，皇帝最終懷念他。
後來張獻忠攻占武陵，心中懷恨楊嗣昌。
挖了他七代祖宗的墳墓，放火燒了楊嗣昌夫婦的棺材，割裂他的屍體還看得見血，他的子孫都身首異處改葬了。