搗毀皇陵。
巡撫楊一鵬是王應熊的座主，巡按吳振纓是溫體仁的親家。
二人擔心皇帝震怒，扣留楊一鵬、吳振纓的奏疏不報告皇帝。
等到收複的報告來後，同時上報。
于是草拟聖旨命令巡撫、巡按戴罪立功。
主事鄭爾說、胡江輪流上疏诋毀王應熊、溫體仁狼狽為奸，耽誤國事，皇帝憤怒地将他二人貶職，而給事中何楷、許譽卿、範淑泰，禦史張缵霄、吳履中、張肯堂不停地發表意見。
範淑泰說：“楊一鵬的《恢複疏》在正月二十一日，《核察失事情形疏》在正月二十八日，天底下還有尚未出事就先恢複的嗎？王應熊改填日、月，難逃欺詐瞞騙的罪名。
”并且揭發他接受賄賂的事情。
皇帝對王應熊特别關照，都不聽，而降了何楷、張缵霄的官級，安慰王應熊。
王應熊也多次上疏争辯，說：“座主門生，交情不能太薄，冒昧地推辭勾結的罪名。
票拟實際是微臣起草的，冒昧推辭誤國的罪責。
”何楷更加憤怒，多次上疏檢舉他，最後又上疏說：“按過去慣例，奏疏不抄發，外人是無法知道的，不接到聖旨，邸報是不許傳抄的。
微臣的奏疏六月初十日上報，十四日才接到皇上的聖旨，王應熊卻在十三日奏辯。
聖旨尚未下發，王應熊如何知道，這是微臣不理解之一。
況聖旨下發一定要由六科抄寫分發。
微臣的奏疏十四日下發，而百戶趙光修先送給錦衣堂上官，那麼奏疏可以不經過科部抄寫了。
這是微臣不理解之二。
”王應熊才害怕起來，上疏承認錯誤。
皇帝将他的家人和值日中書七人法辦。
官司齊備，将家人充邊，中書貶職二級。
王應熊于是多次上疏乞求辭職，乘驿車回家，賜給他旅差費，派行人護送。
皇帝也知道王應熊跟别人關系不融洽，隻不過是自己親手提拔的，不想因為别人的議論趕走他。
崇祯十二年(1639)派官員去調查。
他的弟弟王應熙橫行鄉裡，同鄉人到官府門前擊鼓伸冤，列舉罪狀多達四百八十多條，窩藏贓款一百七十萬兩，言詞牽連到王應熊。
下诏讓撫按調查追究。
正好王應熊又一次被召回，事情得以消解。
這時周延儒第二次為相，擔心别人攻擊自己，唯獨惦念王應熊剛強，可以利用制服别人