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過去因罪被罷的大臣，朝廷酌情予以平反，本應當借先帝遺诏的名義進行，現在卻一概使用新天子的名義。
關于誅除閹黨的案子，陛下與先帝的诏書前後沖突，這樣勢必要把那些窮兇極惡的壞人們都平反才罷休，這是滿朝文武謀國不忠，應予誅殺的第四條理由。
我認為現在辦罪，應當從朝廷内外不稱職的諸臣開始着手。
”
福王命令接受他的奏章，交付史館收存，朝廷内外因此受到了震動。
馬士英、高傑、劉澤清恨透了，更加想要殺掉宗周了。
宗周接連上書請假得不到回複，就抗言上書彈劾士英說：
“陛下從淮州一帶起家當天子，事實上是老天給的大命，可是有人因為随從的一點點功勞就入内閣，進中樞，接受官銜世蔭，似乎可以心安理得地接受這些，這個人不就是士英嗎？從此李沾侈言輔立新君的功績向廷臣挑戰，劉孔昭認為功賞不均跟吏部長官大發怒火，朝堂上相互吵鬧喧嘩不已，一群小人們于是翩然而起，粉墨登場。
假借懂軍事的名義，逆黨也可以死灰複燃了；放寬反正的門路，逃臣也可以拉來任職了，因而閣部諸臣逐漸都要申請棄官還鄉去了。
朝廷裡邊正忙于制造黨論，哪有功夫算計河北的賊寇；立國的紀綱已被破壞殆盡，怎麼考慮滅敵複國的策略。
高傑是一個逃将，可是朝廷把他奉若赤子，慢慢就有尾大不掉的憂患了。
淮州、揚州出了事，朝廷不難考慮派撫臣道臣過去向他們道歉，可是這樣怎麼能不長其桀骜？說到頭來他們是靠着士英的庇護才如此。
劉澤清、黃得功過去都有各自的駐防區域，可是他們像下棋一樣把它抛到一邊去，在那裡鬥雞一般氣勢洶洶地争奪地盤，以至于朝廷把江北分劃成四個兵鎮來安置他們。
這樣做怎會不啟其雄心？說到頭這件事是由高傑引發的。
京營自祖宗以來都是由勳臣來主持，兵部侍郎輔佐勳臣，陛下開國伊始，就任命了宦官盧九德，對這件事士英不能推卸他應有的責任。
”
福王用口氣婉轉的诏書回答他，同時催促他趕快入朝。
士英大為惱火，當天就寫下奏疏要辭職，又在朝廷裡揚言說：“這位劉公自稱草莽孤臣，不署新天子給他的任命，明明表示他不向天子稱臣嘛。
”他的私黨朱統翷于是彈劾宗周上書請皇上移駐鳳陽：“鳳陽是監獄所在地，他想把皇上當作有罪的宗室子弟安置到那裡，然後與史可法一道擁立潞王。
他們的部隊已經潛伏在丹陽了，應該緊急加以防備。
”另一方面澤清、高傑一天到晚策劃怎樣殺掉宗周，找不到辦法就派了十多個刺客過去刺殺。
宗周當時在丹陽一天到晚正襟危坐，不曾懶散過。
先後過來的刺客都不敢下手就離去了。
黃鳴駿入觐，部隊開到京口跟江防部隊相鬥殺，士英以為統翷的話是真的，也怕得要死。
于是澤清上書彈劾“宗周暗中阻撓收複失地，想殺掉我們這些人，激起将士們變心，給天下百姓帶來災殃”。
劉良佐也寫了一篇奏疏說宗周極力壓制“三案”，充當門戶首領；提出要皇上親征，企圖像晁錯那樣自己擔任留守；像司馬懿那樣關閉城門不讓皇上進去。
良佐的奏疏還沒發布，澤清又寫一篇奏疏，并署上高傑、良佐及黃得功的名字交了上去，說道：“宗周勸皇上親征，試圖謀害君父，想把陛下安排到烽火連綿兇多吉少的地方去，居心何在？這件事不是宗周一個人的主意，而是姜曰廣、吳生生等人共同策劃的，曰廣為人心雄膽大，擁立陛下并非他的本心，所以暗中勾結死黨，想剪除忠臣以後強迫陛下遷移到别的府城去。
假如吳生生、宗周入都，我們就立即渡過長江，到朝廷裡當面抨擊這幫奸臣，實行《春秋》所講的讨賊的大義。
”他的奏疏遞上後，滿朝文武吓了一大跳，福王傳發指示要大家團結一心，共渡時艱。
宗周迫不得已，就在七月十八日入朝。
當初，澤清的奏疏公布後，朝廷派人抄了一份送去給高傑看，高傑說：“我們武人怎麼能幹預朝政呢？”得功也上書辯解說：“我事先根本不知道。
”士英卻把得功的奏疏壓下不往上送。
史可法氣憤不平，派使者過去一個個質問各鎮将帥，大家都說不知道。
可法就把情況如實報告了福王，這下澤清等人為之沮喪。
士英已經忌恨宗周，越來越想排擠掉他，就推薦說阮大铖懂軍事，福王傳令讓大铖穿上官服進見。
不多天，從宮中傳出特旨任用大铖為兵部添注右侍郎。
宗周說：“大铖的進退關系到江南的興亡，老臣不敢不争他一回。
皇上假如不聽，我也要還鄉去了。
”奏疏遞上去後福王不聽，宗周就告老還鄉，福王傳下诏令允許他乘坐官方車馬回鄉。
宗周即将動身前上書講了五條建議：一是勤問政事，不要因為沉湎于眼前的享樂忽略了遠大抱負；二是振舉王法，不要因為皇上對臣下的開恩損害臣子們應守的法度；三是明定國事，不要讓邪氣壓了正氣；四是端正治術，不要把刑名擺到教化前頭來；五是鞏固國本，不要因為外患釀成内憂。
福王用語氣委婉的聖旨回複說知道了。
第二年五月，南都覆亡了。
六月，潞王投降，杭州也失守了。
宗周正在吃飯時聽到這個消息，把桌子都給推倒，失聲痛哭起來，從此就開始絕食。
他移居到城郭之外後，有人用文天祥、謝安的故事勸說他，宗周說：“北都的事變發生時，我可以死，也可以不去死，因為身在鄉間，還有希望看到國家中興。
南都的事變發生時，是主上自己放棄了自己的江山，我還認為可以死，也可以不去死，以便等待國家後繼有人。
現在我們浙江也投降了，老臣不死還等什麼呢？如果說我不在官位上，不應該與城共存亡，難道不應該與國土共存亡嗎？這也就是過去江萬裡自殺的道理了。
”出去辭别祖墓回來，船經過西洋巷時，宗周投入水中，水淺沒死成，船夫把他扶了上來。
宗周前後絕食二十三天，開始還喝點茶水，後來十三天裡滴水不沾，像往常一樣跟弟子們進行學術問答。
閏六月八日，宗周絕食身亡，終年六十八歲。
宗周早年從許孚遠那裡接受學業。
後來又進入東林書院跟高攀龍等一起講習。
馮從吾首善書院的講會，宗周也參加過。
浙江自從王守仁以後，心學一傳為王畿，再傳為周汝登、陶望齡，三傳為陶..齡，都摻雜了禅學的内容。
..齡在白馬山講學，提出了因果說，離王守仁的思想更遠。
宗周對此很憂心，修建了一所證人書院，召集志同道合的人在一起講習。
快死的時候，宗周對自己的學生說：“治學的關鍵在于心中的立誠，主敬是立誠的外部功用。
能主敬心中就能立誠，立誠就合乎天性了。
良知學說很少不流入禅學。
”宗周在官位上的時間不多，他侍奉君主不把表面的服從當成恭敬。
他入朝做官時，即使一個人呆在暗室裡，都不敢把臉朝南坐。
無論審判大案，還是讨論大事，或者是閱讀聖旨，他都要退後幾步，拱手站立很久才敢進行。
有時請了病假，就徒步回到家裡居住，布袍粗飯，樂道安貧。
一旦接到朝廷的召喚他馬上就上路，有時連衣服、帽子都不等穿齊戴好。
學者們把他稱為念台先生。
他的兒子叫劉氵勺，字伯繩。