拉幫結派，表現在行動上。
道周抗言上書，隻借文字講空話，有那麼一兩個要好的朋友也都跟着罷免了，所謂的幫派在哪裡，用得着動用朝廷的刑法？況且陛下怎麼會積恨于道周呢？萬一日後您回心轉意了，可是我的死刑判決已成事實，那時後悔也沒用了。
”所以仍舊請照原判結案。
道周于是被判為永久充軍廣西。
十五年(1642)八月，道周充軍已有一個年頭了。
一天，莊烈帝召五位輔臣進入文華後殿，手拿一冊書随便問道：“張溥、張采是怎麼樣的人？”大家都回答說：“是讀書好學的人。
”莊烈帝說：“張溥已經死了，張采隻是一個小官，科道官為什麼熱心稱贊他？”大家回答說：“他胸中裝有不少書，科道官因為對他的使用不到頭，所以惋惜他。
”莊烈帝說：“他為人也不免有些偏激。
”當時延儒在嗣昌死後又一次進了内閣，要參考大家的意見為道周活動，就回答說：“張溥、黃道周都不免有些偏激，隻是因為他們擅長學問，所以人人都惋惜他們。
”莊烈帝沒有做聲。
蔣德瞡說：“道周過去被判充軍，皇上的恩德已很寬大了，隻是他家裡窮，孩子還小，實際情況讓人憐憫。
”莊烈帝再露微笑。
陳演說：“道周這個人對父母也極孝順。
”吳生生說：“道周學無不通，并且為人很清苦。
”莊烈帝不答話，隻是微笑而已。
第二天就傳出聖旨恢複道周原來的官職。
道周在路途上上書謝恩，稱贊了學龍、廷秀的賢德。
回到京師後，莊烈帝召見了他，道周見到莊烈帝就流下了淚，說：“我想不到現在還能再見到陛下，隻是我本來就在生病。
”向莊烈帝請假，得到了批準。
過了很久，福王監國，用道周為吏部左侍郎。
道周不想出任，馬士英勸說道：“人望在你身上，你不出來，想跟着史可法擁立潞王嗎？”道周于是迫不得已進入朝中，交上了九篇進取北方的策論，朝廷冊封他為禮部尚書，讓他協理詹事府的事務。
隻是當時朝政一天天壞了下去，大臣相繼離開南都，有見識的人都知道福王即将滅亡了。
第二年三月，福王派道周去祭告大禹陵，出發前，道周又遞上一篇進取策，當時沒有被采納。
道周剛辦完事，南都亡失了，他到衢州去拜見唐王朱聿鍵，上表勸進，唐王讓道周當武英殿大學士。
道周的學問、品行都很高，唐王特别尊敬他，曾經賜宴給他。
鄭芝龍封為侯爵，位置在道周之上，大家主張壓一壓芝龍，文武大臣由此不和睦了。
有個學生上書攻擊道周迂腐，不能擔任輔臣，唐王知道是出自芝龍的意思，故意把這個學生交督學禦史打了一頓。
在這個時候，國勢已衰，朝廷大權掌握在鄭氏手中，這位大帥仗着唐王的恩賜，觀望不前，不願意出關召募士兵。
道周于是自請到江西去謀劃收複失地。
當年七月他出發，所到之處得到周圍地區的響應，募到義旅九千多人，從廣信開出衢州。
十二月進抵婺源，遇到大清部隊，戰敗後被俘，被帶到江甯，單獨關在一個房間裡，穿着囚服寫書。
将要處死他時，道周行經東華門，坐在地上不起來，說：“這裡離高皇帝的陵墓比較近，可死在這裡。
”監刑的同意了他。
道周幕下的謀士中書賴雍、蔡紹謹，兵部主事趙士超等都死了。
道周學通古今，所到之處跟他鑽研的人雲集而來。
銅山在一個孤島上，山上有一座石室，道周從小坐卧其中，所以學者稱他為石齋先生。
道周精通天文、曆法、數學、皇極等方面的書籍。
他所著的《易象正》、《三易洞玑》及《大函經》，學者整年學習也弄不懂他的學說，而道周自己用它來推演、驗證國家的治亂。
他死後，他的家人得到他寫的一本小冊子，上邊自己說自己死在丙戌年(1646)，終年六十二歲，大家才相信他真能預測未來。