畢自嚴，字景曾，淄川人。
萬曆二十年(1592)進士。
初任松江推官，年紀輕輕就很有才幹，被朝廷召用為刑部主事。
後來做過工部員外郎中，升為淮徐道參議。
回家為母親守完喪後，被派往守衛冀甯。
又改官河東副使，請病假離任了。
後來又被起用，做洮岷兵備參政。
又以按察使的名義調去治理榆林西路，然後當上了右布政使。
泰昌年間，朝廷召他做了太仆卿。
天啟元年(1621)四月，遼陽覆沒，朝廷決定設置一名天津巡撫，專門整頓海防，讓自嚴改官右佥都禦史前往上任。
到任後，自嚴建立了水軍，修造戰船，裝備武器。
等熊廷弼提出三方布署兵力的策略後，天津是其中一個方面，所以增設了鎮海等兵營。
自嚴運用戚繼光傳下的辦法，讓水軍先訓練陸戰，因此他的部隊很可用。
魏忠賢派錦衣千戶劉僑來逮捕天津被罷了官的将領，自嚴用他們沒有皇上的批示為由上書批評忠賢，熹宗回複說知道了。
從各地征來的士兵天天逃跑，朝廷采納自嚴的建議，吸收士兵的家屬來補入部隊。
兵部主事來斯行有軍事才略，自嚴請讓他當了自己的監軍，山東的白蓮妖賊起來作亂，自嚴讓斯行率領五千兵力前往平定，功勞很大。
早先，萬曆四十六年(1618)時，遼東用兵，朝廷決定開通登州、萊陽的海運。
第二年二月特設戶部侍郎一人兼右佥都禦史，前去總督遼東兵饷。
到這時李長庚提升了，朝廷就命令自嚴接任。
評定他以前平定賊寇的功勞，朝廷把他提升為右都禦史兼戶部左侍郎。
當時朝廷決定廢除天津巡撫，讓督饷侍郎兼領巡撫事務，就把它一并交給了自嚴。
朝廷又決定要讨伐朝鮮，自嚴說不能立即讨伐它，應當等它請求上貢，表示忠誠，為我們的東征效力，現在隻要慢些答應給它加封就是了。
京師幾次發生地震，自嚴借此上書講出自宮廷裡的批答應當慎重，加恩于臣下應該有所節制，對人才應該愛惜，宮廷裡的操練應該停止，話說得很切實。
自嚴在職幾年，對軍饷全面核算，注意減省，公私兩方都靠着他受益匪淺。
五年，自嚴以右都禦史的身份掌管了南京都察院。
第二年正月裡就原地改官任戶部尚書。
忠賢決定賣掉南京太仆寺牧馬的草場來資助修殿工程。
自嚴