堅持不同意，就請病假回鄉去了。
崇祯元年(1628)，召自嚴當了戶部尚書。
自嚴因為财政支出極為困難，請清查拖欠的田賦，開墾屯田，嚴格成績考評，裁減多餘的士兵，停發薊州、密雲、昌平、永平四鎮新增加的二十二萬兩鹽菜銀，莊烈帝都批示同意了。
二年三月，自嚴上書說：
“各邊鎮往年的例子，除遼饷外，其他軍饷是三百二十七萬八千多兩銀子。
現在薊州、密雲等鎮省下三十三萬，還應付出二百九十四萬八千。
統計京邊每年收入的數字，田賦是一百六十九萬二千，鹽課是一百一十萬三千，關稅是十六萬一千，雜稅是十萬三千，事例約二十萬，總共是三百二十六萬五千多兩。
可是曆年拖欠，一年中實際收入不滿二百萬，就是全部充作邊饷也沒有赢餘。
可是京城支取的各項費用每年是八十四萬，遼東提塘費用三十多萬，薊州、遼東撫賞費用十四萬，遼東舊饷改新饷增加的是二十萬，支出大于收入，已達一百十三萬六千兩。
況且還有供給宮廷召買的費用，宣府、大同的撫賞金以及一切不時之需，也有超出常額的情況。
請陛下傳令廷臣，讓大家就财政收支問題各陳己見！”
于是廷臣争着提出各自的主張，自嚴選擇其中可行的辦法，先列出十二條意見交上，分别是增賣鹽引，讨論鑄造錢币，集中各項雜稅，清查不繳租的田畝，征收寺廟産業稅，核定牙行稅率，停止修建倉庫，停止維修、興建公署，增收南京的馬匹協辦稅、崇文門店鋪稅，調整京運撥兌比率、闆木折價比率。
後來又列了十二條意見，分别是增加關稅、捐獻公費、出賣生祠、重定市稅、裁減冗役、清查虛冒、加收贖罪款、班軍折銀、吏胥納班銀、出售河濱灘蕩、京東水田、殿工冠帶。
莊烈帝都予以批準執行。
莊烈帝又命令編定《賦役全書》，自嚴說：“《全書》的編寫，是從實行一條鞭法開始的，距今已經四十五年了。
有同一條規定而現在多那時少的，它的弊病是混派；官府聽憑奸吏随意瓜分，它的弊病是花派。
對此應當大力整頓。
”進而做出八條規定呈請，莊烈帝就命令頒布全國。
給事中汪始亨極力批評當時盜取屯糧損失軍饷的弊端。
自嚴說：“這個問題相沿已久，難于核實