免他一死。
崇煥召他的部将來說：“文龍這樣的罪狀，該不該殺他？”大家都怕得唯唯諾諾，誰敢反對？中間有稱道文龍數年勞苦的，崇煥訓斥說：“文龍本是一個平民百姓罷了，官做得最高，全家都得以蔭封，足夠報他的辛勞了，他怎麼就這樣悖亂違逆呢！”接着就磕頭請求皇帝的旨意說：“我今天殺文龍以整頓軍紀。
将領中間有和文龍一樣的，都要殺了他們。
我不能成功的話，請皇上也像殺文龍一樣殺了我。
”于是取下尚方寶劍在帳前把文龍的頭砍了下來。
出來告訴他的将士們說：“隻殺文龍一個人，其他人都沒有罪。
”
這時候，文龍麾下兇猛強悍的官兵有數萬人，都怕崇煥的威風，沒有一個敢亂動的。
崇煥命人用棺材埋了文龍。
第二天，用肉酒等祭品祭奠他說：“昨天殺你，是朝廷的法律；今天我祭奠你，是出于同僚、友人的感情。
”并為他落下了淚。
接着分撥文龍的士兵二萬八千人為四協，任用文龍的兒子承祚、副将陳繼盛、參将徐敷奏、遊擊劉光祚為首領。
收回文龍的敕印、尚方寶劍，令繼盛代他掌管。
又犒勞軍士，傳檄安撫各島人民，全部廢除了文龍的苛政。
回到鎮上以後，把文龍一事上書報告皇帝，末尾說：“文龍作為大将，不是我可以擅自誅殺的，所以我謹席橐待罪。
”當時是崇祯二年(1624)五月。
莊烈帝突然聽到這個消息，大吃一驚，但想到文龍既已死去，當時又靠着崇煥，所以就以贊揚的态度下诏書褒獎他。
不久又傳旨公開文龍的罪行，用以穩定崇煥的心；文龍埋伏在京城的爪牙，也命令法司加以搜捕。
崇煥又上書說：“文龍一介匹夫，不守法竟至于這種程度，是因為海外便于作亂。
他的部隊連老帶幼一起算有四萬七千人，假稱十萬，并且中間有很多百姓，兵還不到兩萬，擅自設将領千人。
現在不便于再設總帥，就以繼盛代行其事，這樣算來是方便的。
”莊烈帝回答可以。
崇煥雖然殺了文龍，怕他的部下發動兵變，所以增加饷錢至十八萬兩銀子。
然而島上的兵失去主帥後，漸漸地散了心，越發不可征用了。
以後直至有背叛投敵的。
崇煥上書說：“東江一鎮，想牽制敵人還必須借助它。
今定為兩協，馬軍十營，步軍五營，每年需饷銀四十二萬兩，米十三萬六千石。
”莊烈帝因為兵減少糧饷增加很有點情緒，因為崇煥，就特别地按他的請求辦了。
崇煥在遼東，和率教、大壽、可剛等确定兵制，漸漸推行到登、萊、天津，等到确定東江兵制以後，合計四鎮兵共十五萬三千有餘，馬匹八萬一千有餘，每年耗費饷銀四百八十餘萬兩，比過去減少了一百二十萬。
莊烈帝很贊賞他。
文龍死後才三個月，大清兵數十萬分路進入龍井關、大安口。
崇煥聽說了，就督領大壽、可剛等去守衛。
于十一月十日抵達薊州，經過撫甯、永平、遷安、豐潤、玉田等城市，都留下隊伍防守，莊烈帝聽說他到了，很高興，用溫和的诏書贊揚、鼓勵他，頒發公款犒賞将士，并命令他統帥各路援軍。
不久聽說率教戰死，遵化、三屯營都被攻下，巡撫王元雅、總兵朱國彥自殺，大清兵越過薊州向西去了。
崇煥怕了，火速領兵入關保護北京，在廣渠門外紮營。
莊烈帝立刻召見他，慰勞了他一番，向他訊問戰守策略，賜他禦用的食品和貂裘。
崇煥由于兵馬疲憊，請允許進城中來休息，莊烈帝不同意，崇煥出去與清兵大戰，互有殺傷。
當時大清兵所由進入的隘口是薊遼總理劉策管轄的，崇煥聽說事變就不遠千裡前來解救，所以自認為有功無罪。
然而都城的人們突然遭到兵亂，怨言诽謗紛紛而起，說崇煥擁兵縱敵。
朝廷大臣因為以前崇煥和大清軍有過議和，誣蔑他引來敵人想逼朝廷議和，将要訂立城下之盟。
莊烈帝聽了一些這樣的話，心中不能不迷惑。
恰好大清軍又設了離間計，說崇煥和我們有秘密的和約，讓他們所抓獲的宦官知道後，又故意讓他逃走。
那宦官跑去告訴莊烈帝，莊烈帝深信不疑。
十二月十五日又一次召崇煥問話時，就把他綁了下到京師的獄裡。
大壽當時在旁邊，渾身哆嗦，不知所措，出來以後就帶兵叛逃而去。
大壽過去曾經有罪，孫承宗要殺他的時候，愛惜他的才能，就秘密地要崇煥解救他。
大壽因此感激崇煥，怕被一齊殺了，就叛逃了。
莊烈帝拿崇煥在監獄中親手寫的信，派人前往召大壽回來，他才歸順。
崇煥在朝廷時，曾和大學士錢龍錫談話中間略略說到想殺毛文龍一事。
等崇煥想和大清兵和議時，龍錫曾寫信制止他。
龍錫過去曾主管确定魏忠賢的逆案，忠賢的殘餘黨羽王永光、高捷、袁弘勳、史翲等人策劃制造大案，就以擅自主張議和、獨斷專殺大帥等事作為他們兩個人的罪行，高捷首先上書竭力攻擊，史翲、弘勳繼之于後，一心想連龍錫一齊殺掉。
法司定了崇煥謀叛的罪名，龍錫也定死罪。
三年(1630)八月就把崇煥在街市上車裂而死。
他的兄弟妻子都被流放三千裡，并抄沒了他的家。
崇煥沒有兒子，家中也沒有多餘的錢财，天下人都以為他死得冤屈。
崇煥被捕入獄後，大壽奔逃大清軍去了。
武經略滿桂因為被催促甚急，與大清兵戰鬥，終于戰死，這時離崇煥下獄才半個月時間。
當初崇煥妄自殺了文龍，至此莊烈帝又誤殺了崇煥。
自從崇煥死後，邊疆的戰事更加無人可靠了，明朝滅亡的征兆也已決定無疑了。