得很，拿文燦招降他們的親筆指示上交給傳庭看，說短時間内将歸降。
傳庭說“：你們天天到熊先生那裡說接受招安，可是又天天不停地攻打城堡，屠殺村寨，這是假投降。
如果真想投降，就放下武器過來投降，再說空話就不是真心投降了，我明天就要進兵了！”第二天傳庭統兵而出，在進軍途中接到文燦的檄文說“：不要忌妒我招安賊兵的功勞！”又往前走，收到了兵部尚書嗣昌的手信，也是這麼說。
傳庭悶悶不樂地撤兵回來了。
但是賊兵最終還是不接受招安，反而轉移過去窺視商州、雒南。
文燦後悔了，約傳庭出兵夾擊。
傳庭手下的官員王文清三戰三勝，打敗了賊兵，賊兵逃往内鄉、淅川去了。
傳庭在屢建大功之後，他手下的将校幾次得到诏令進行了封賞，嗣昌卻堅決壓制他，不為他奏請。
傳庭懇請他把自己提上部籍，嗣昌說：“等等吧！”十月，京師戒嚴，朝廷召傳庭及承疇入衛京師，提升傳庭為兵部右侍郎兼右佥都禦史，接替總督盧象升統率從各地來的援軍，賜給他尚方寶劍。
這時傳庭統兵來到京城近郊，與嗣昌不和，又跟宦官高起潛發生沖撞，莊烈帝傳下聖旨嚴厲批評了他，不讓他進城朝見。
承疇來了以後，嗣昌到郊外慰勞，又命令他觐見皇上，傳庭對此不能不感到失望。
不久，嗣昌任用承疇為薊門總督，想把來增援京師的陝西部隊都留下來守護薊門、遼東。
傳庭說：“陝西部隊不能留，留在這邊，那邊賊寇的勢焰便會擴張，無益于邊防，這簡直是為賊寇撤走敵人。
陝西士兵的妻子、子女都在陝西，他們天天把殺賊當作自己的利益，長期留在邊疆，不是起哄就是逃跑，不能再為我們所用，就一定為賊寇所用，這簡直是逼迫良民去當賊兵。
這是有關國家安危的重要一環，不能不加考慮。
”嗣昌不聽，傳庭争執不下，心中不勝郁郁，耳朵就聾了。
傳庭剛接受任命時上書講過“：近年來封疆的事務亂成一團，原因在于謀劃差錯。
事情結束後，我想給陛下當面把國家大事商定一下。
”第二年，莊烈帝改派傳庭去總督保定、山東、河南軍務。
京師解嚴以後，傳庭上書請求朝見，嗣昌大為吃驚，以為傳庭要扳倒自己，就喝令過來的仆人把奏疏帶回去還給傳庭。
傳庭惱火了，就上書稱病，請求離任，嗣昌又彈劾他假稱生病，并不是真聾。
莊烈帝惱了，把傳庭罷官為民，又交巡撫楊一亻隽核實真僞。
一亻隽奏稱“傳庭真的聾了，不是說假。
”莊烈帝連一亻隽一起關進監獄。
傳庭被長期關押，等候處理。
滿朝大臣都知道他的冤枉，但沒人說話。
傳庭在獄中關了三年，文燦、嗣昌相繼敗滅。
可是這時闖王李自成已經打下河南，進犯開封，活捉了宗龍，殺掉了唐王，官軍分崩離析，賊寇更加兇猛了。
莊烈帝想到了傳庭講過的話，朝臣中推薦傳庭的人也越來越多了。
十五年(1642)正月，莊烈帝起用傳庭為兵部右侍郎，親自到文華殿向他詢問剿賊安民的辦法，傳庭侃侃而言，莊烈帝深為感歎，設宴對他加以慰勞，賞賜了很多東西，然後命令他帶領禁軍去增援開封。
開封的包圍圈已經解除，賊兵殺死了陝西總督汪喬年，莊烈帝就讓傳庭過去接任。
傳庭上任後，在關中召集諸将，綁了援剿總兵賀人龍