南居益，字思受，渭南人，是尚書南企仲的本家兒子、師仲的侄子。
居益的曾祖南從吉與曾伯祖南大吉都是進士，他們兩個人的兒孫也一個接一個地登上黃榜。
企仲是大吉的孫子，萬曆八年(1580)進士。
因為祖母年齡大了，他請假在家給祖母養老送終。
祖母過世後，他出任刑部主事。
有一次過客把自己的财物寄存在企仲家裡，夫妻兩個人一起死掉了，企仲還是把他們的兒子叫來把财物歸還了。
吏部尚書孫丕揚認為企仲有賢德，把他調到自己手下，當文選郎，然後提拔他為太仆少卿，又升為太仆卿。
三十年，神宗因病下诏減免礦稅，釋放在押的囚犯，起用因為提建議被貶免的大臣。
後來又後悔了，傳令礦稅還照舊征收，餘下的由有關部門讨論執行。
吏、刑二部尚書李戴、蕭大亨幾天裡遲遲不向上報請，企仲請神宗立即把他們兩個罷免，然後傳令二部立即按照诏書執行。
神宗大為惱火，傳出指示立即停辦這兩件事，把企仲貶了一級。
給事中蕭近高，禦史李培、餘懋衡也請神宗對發布過的诏書保持信用，神宗更為惱火，把他們三個都扣了官俸，并且傳令加重對已經貶了官的鄒元标等人的處罰，想用這來鉗制敢提意見的人。
閣部幾個大臣極力争論，神宗才作罷。
可是給事中張鳳翔迎合神宗的心意，上書就别的事情彈劾企仲，企仲于是被剝奪了官籍。
天啟初年，企仲得到起用，做了太常卿，又逐漸升到南京吏部尚書，最後因年老退休了。
師仲的父親南軒當過吏部郎中，曾經編寫過《通鑒綱目前編》。
師仲自己官至南京禮部尚書。
居益從小注意砥砺自己的操行，考中萬曆二十九年(1601)進士，初任刑部主事。
經多次升遷，當了廣平知府，又晉升為山西提學副使、雁門參政，還做過按察使、左右布政使，但都是在山西。
天啟二年(1662)，居益入朝當了太仆卿。
第二年升右副都禦史，前往巡撫福建。
紅毛夷是海外來的雜色人種，绀紫色的眼睛，紅色的頭發和胡須，他們自稱和蘭國，自古以來跟中國沒有往來，後來經過大泥、咬口留吧兩國跟福建商人交往上了。
萬曆年間，奸民潘秀領他們占領了澎湖，要求通商，巡撫徐學聚讓他們把貨物轉賣到大泥、咬