口留吧二國去，這兩個國家水路險遠，商人把他們的貨物運到呂宋去了。
夷人懷疑呂宋截了他們的商船，就過去攻打呂宋，又侵犯廣東的香山澳，都被打敗。
他們不敢回國，就又到澎湖來請求通商，并且在島上修築城牆。
巡撫商周祚拒擊他們，但平定不下，這時居益接替了周祚，敵人正在進犯漳州、泉州，招了些日本、大泥、咬口留吧人及海寇李旦等做援兵。
居益派人去招安了李旦，勸說他帶大泥、咬口留吧人來歸順。
敵将高文律害怕了，派使者過來求和，居益斬了來使。
然後在鎮海港建起城堡，把敵人逼到風櫃，敵人到了窮途末路，想乘船逃走，官軍就活捉了高文律，海上的戰患至此才算平息下來。
五年，居益升任工部右侍郎，總督河道。
魏忠賢恨居益在叙功時不提到自己，壓下了給他的獎賞。
給事中黃承昊又說他拉幫結派，賣身投靠，靠鑽營爬上了重要位置，于是居益被剝奪官籍，離開了朝廷。
福建人到京師替他訴冤，熹宗不聽，他們就為居益立了一座祠堂紀念他，在澎湖和平遠台為他立了碑。
崇祯元年(1628)，居益起複，擔任戶部右侍郎，總督倉庫、草場。
陝西的兵鎮缺饷達三十多個月，居益請把應送到關門的陝西田賦留下三十萬石，解決部隊的困難，莊烈帝回答可以。
京郊戒嚴時居益在通州，制定的守城辦法很完善。
這時工部尚書張鳳翔因為軍用器材沒準備齊全被關進了監獄，四司郎中有三個人死在了監獄裡，朝廷就诏令居益接替了鳳翔。
不久，在試驗大炮時發生了爆炸事故，兵部尚書梁廷棟彈劾郎中王守履失職。
守履害怕了，就攻擊說是兵部郎中王建候誣陷自己。
朝廷審訊後發現事實不像守履所說，就把他逮捕入獄。
居益上書營救守履，莊烈帝認為居益徇私，把他罷免了官籍，把守履廷杖了六十大棍，罷官為民。
不久，朝廷評定守城的功勞，恢複了居益的官籍。
崇祯十六年(1643)，李自成打下渭南，向南氏一門勒索一百六十萬石軍饷，企仲已經八十三歲了，還被賊兵害死。
賊寇想誘降居益及企仲的兒子、禮部主事居業，他們兩個都不肯投降。
第二年正月，賊寇派兵把他們帶走，加以炮烙，居益、居業始終不屈，絕食七天死去了。