人都在竭力排擠東林，把鄒元标指為黨魁。
邦華與元标是同鄉，相互之間是師友關系，他的脾氣又喜歡辨别是非。
有人勸他做人要圓滑一些，邦華說：“我甯為偏枯的學問，不做反複的小人。
”那些人聽說後更加恨他了。
第二年，根據年限規定把邦華調出，讓他去做山東參議。
他的父親廷谏當時任南京刑部郎中，也被罷官回家了。
邦華于是就推辭生病，沒有去赴任。
天啟元年(1621)，邦華起複原任，前往整頓易州兵備。
第二年，他升為光祿少卿後，回家看望父親去了。
四月，朝廷提升他為右佥都禦史，讓他去接替畢自嚴巡撫天津。
當時天津的軍府剛剛開設，各項事務都是草草上馬，邦華到任後極力加以整頓，使津門軍成了各鎮的表率。
邦華升任兵部右侍郎後，又返回家鄉探望父親。
四年春天邦華抵達京師，閹黨大吵大鬧，說樞輔孫承宗在萬壽節來朝見皇上時将要“清除皇上身邊的壞人”，事實上是邦華引他來的。
熹宗皇帝立刻勒令承宗返回駐地，邦華自己請病假回去了。
第二年秋天，閹黨彈劾并削除了邦華的官籍。
崇祯元年(1628)四月，邦華起任為工部右侍郎，總督河道。
不久改任兵部右侍郎，協理軍政。
邦華回到朝廷，受到莊烈帝召見，過後主持了武會試，事後進到軍營中。
按照慣例，皇上冬至祭天，部隊列隊護駕，用兵八萬五千人，當時增加到了十多萬人。
當時莊烈帝正要祭天，總督随行部隊的勳臣缺乏人選，就讓邦華兼管這件事。
邦華所布置的雲辇、龍旌、寶纛、金鼓、旗幟、甲胄、劍戟都煥然一新，莊烈帝很高興。
第二年春天莊烈帝視學，邦華又布置得很好。
莊烈帝命令給他加官為兵部尚書。
當時兵政十分亂，邦華首先提出要改變操練方法、慎重選擇将吏、改造戰車、精制火藥、集中武器、責成防官、節約金錢、酌情兌馬、演習大炮等九件事。
京營一向有占役、虛冒的弊端。
占役就是士兵為諸将服勞役，一個小營中這樣的士兵能達到四五百人，并且還有賣閑、包操等弊端。
虛冒就是部隊沒有這麼個人，諸将及勳戚、宦官、豪強以自己家的仆人冒充軍隊中的壯丁，每個月支取一份厚饷。
邦華加以清查，收回了占役士兵一萬人，清出虛冒一千人。
三大營兵力十多萬人，有一半是老弱之人。
按照慣例，京營部隊名額短缺時允許報加，這些老弱之人大都是通過賄賂進來的。
邦華對各營士兵都親自加以考試，不是