對他的怨言、诽謗也逐漸多起來了。
這年十月，京城郊區受到攻打，邦華選派了三千精兵去守衛通州，兩千精兵去增援薊州，自己親率各路部隊駐紮在京城外邊，軍容浩大。
不久朝廷傳令讓邦華的部隊撤回來看守女牆，于是哨探不敢遠出，内外消息就中斷了。
邦華這時請朝廷防備土匪，緝捕間諜，解散不法團夥，嚴禁傳播謠言。
自從接到戰警，邦華衣不解帶，嚴兵待敵，捐款出來制造炮車及各種火器，又因為京師外城兵力單薄，自請出守。
可是那些不得志的家夥捏造了流言蜚語，傳入宮中。
襄城伯李守钅奇總督京營，也恨邦華壓過自己，這時乘機诋毀他。
邦華自感不安穩，上書陳情表白，同時還權給莊烈帝。
恰好這時滿桂的部隊在德勝門外抵抗大清部隊，城上點燃大炮幫助滿桂，誤傷了滿桂很多士兵。
都察院都事張道澤于是就彈劾邦華，言官也上書談論，朝廷就罷了邦華的官，讓他回鄉閑住。
從此接任的人都拿邦華作為教訓，大都因循守舊，姑息養奸，兵政也就沒法子講了。
邦華前前後後被罷官，在家裡閑住過二十年，他的父親廷谏也還健在。
十二年(1639)四月，邦華複起，出任南京兵部尚書，确定軍營編制，裁減不必需的将官，合并原先分設的部隊。
邦華認為防守江南不如防守江北，防守長江下遊不如防守上遊，于是從浦口考察到滁州、全椒、和縣，觀察地理形勢，繪成地圖進呈給朝廷。
他在浦口沿江修建了敵台，在滁州設置了駐防士兵，在池河修建了城牆，在滁州、全椒咽喉地藕塘修築了堡壘。
和縣遭到賊兵屠戮，邦華請求把他劃歸太平州。
又申請在采石山上開設軍府，在太平的港道上設置哨所，大力開墾當塗一帶的幾萬頃閑田，儲備軍糧。
徐州是南北交通要害，水陸交通會合的地方，邦華奏請在那裡駐紮重兵，設總督一名，由他發号施令征調部隊，奠定兩處皇陵、京城萬無一失的局勢。
他的奏章都被交給有關部門讨論，還沒來得及執行，邦華因為給父親守喪離去了。
十五年(1642)冬季，邦華起複故官，掌管南方都察院的事務，不久接替劉宗周當了左都禦史。
都城受到攻打，邦華立即請求讓自己率領東南地區的援兵前往入衛，艱難地拖着病體出發了。
第二年三月來到九江。
當時左良玉的幾十萬敗兵敗将聲言缺饷，要去南京運國庫銀過來，大小船隻蔽江東下。
南京的士紳、百姓一個晚上搬遷幾次，文武大吏都