州，包圍了代州。
遇吉開始在代州阻止賊寇北犯，一方面憑借城牆堅守，一面偷偷出兵奮戰。
連續幾天，殺了無數賊兵。
當軍糧吃光，救援無望時，隻好退保甯武。
賊寇又緊跟着到了，大喊如果五天不投降就殺掉全城的軍民。
遇吉朝四面八方發射大炮，打死了一萬賊兵，火藥就要用完了，城外的包圍圈越來越小。
有人請說些好話把賊兵騙走算了，遇吉說：“你們太膽小了！現在如果我們能打勝，全軍都是忠臣義士；就是支持不住，把我綁了交給賊兵也就罷了。
”于是在城内設下伏兵，派出弱卒誘引賊兵往城裡邊進攻，即刻放下閘門，殺死了先進來的幾千名賊兵。
賊寇用大炮轟炸城牆，城牆兩次塌而強修，并且打傷了賊軍的四員猛将。
自成怕了，想退兵，他的将領們說“：我們的兵力有他一百倍那麼多，隻要用十個對付他一個，輪流攻打，沒有不能獲勝的道理。
”自成聽取了他們的意見。
于是賊兵前隊死了，後邊跟上，不間斷地猛攻。
官軍氣力用完了，城就被打了下來。
遇吉跟賊兵展開巷戰，座下的戰馬倒在地上後，他徒步跳躍閃轉，親手殺死賊兵幾十個人。
他的身上像刺猬一樣被箭射中多處，最後被賊兵抓住，他大罵不屈。
賊兵把他綁在很高的木柱上，用亂箭射死了，又一片一片割下了他的肉。
甯武城中的百姓、士紳受到遇吉忠貞、義勇的感動，在小巷中跟賊兵厮殺，打死的賊兵不可勝計。
遇吉家裡的孩子們開始跟随遇吉在外邊跟賊兵搏鬥，死得差不多了。
他的夫人劉氏一向勇猛，率領幾十名婦女守衛着山頂上的官署，她們登上屋頂射擊賊寇，每一支箭射死一名賊兵，賊寇不敢靠近她們，便點火焚燒，她們全家都被燒死了。
自成召集手下商量說“：甯武雖然打下了，我們的将士也死傷了很多。
從這裡到京師，中間經過大同、陽和、宣府、居庸，都駐着重兵。
如果都像甯武這個樣子，我們的士兵還能剩幾個呢？不如先回陝西休息，以後再來打吧。
”定好日子就要逃走，可是大同總兵姜王襄的使者、宣府總兵王承蔭的投降書也送到了，自成更加高興。
于是決定長驅直入，經過大同、宣府到了居庸。
太監杜文秩、總兵唐通打開城門，引賊入城，京師就這樣失守了。
賊寇後來經常對人說“：别的兵鎮再有一個周總兵，我們怎麼能有今天！”
福王在位時，追贈遇吉為太保，谥忠武，把他放在旌忠祠裡加以祭祀。